Datasets:

kejian

/

codesearchnet-python-pep8-full

like 1

[ "def", "set_mean", "(", "self", ",", "col", ",", "row", ",", "mean", ")", ":", "javabridge", ".", "call", "(", "self", ".", "jobject", ",", "\"setMean\"", ",", "\"(IID)V\"", ",", "col", ",", "row", ",", "mean", ")" ]

[ "def", "update_show_function", "(", "self", ",", "show_name", ",", "show_func", ")", ":", "if", "self", ".", "get_show_function", "(", "show_name", ")", "is", "None", ":", "raise", "CloudantArgumentError", "(", "114", ",", "show_name", ")", "self", ".", "shows", ".", "__setitem__", "(", "show_name", ",", "show_func", ")" ]

[ "def", "securitycli", "(", ")", ":", "parser", "=", "argparse", ".", "ArgumentParser", "(", "description", "=", "\"Runner for security test suite\"", ")", "parser", ".", "add_argument", "(", "\"-l\"", ",", "\"--list-test-groups\"", ",", "action", "=", "\"store_true\"", ",", "help", "=", "\"List all logical test groups\"", ")", "parser", ".", "add_argument", "(", "\"-a\"", ",", "\"--list-all-tests\"", ",", "action", "=", "\"store_true\"", ",", "help", "=", "\"List all tests\"", ")", "parser", ".", "add_argument", "(", "\"-i\"", ",", "\"--include\"", ",", "metavar", "=", "\"GROUP\"", ",", "action", "=", "\"append\"", ",", "default", "=", "[", "]", ",", "help", "=", "\"Only include specified group(s) in run, include several \"", "\"groups by repeating flag\"", ")", "parser", ".", "add_argument", "(", "\"--version\"", ",", "action", "=", "\"store\"", ",", "dest", "=", "\"version\"", ",", "help", "=", "\"B2G version\"", ")", "parser", ".", "add_argument", "(", "\"--ipython\"", ",", "dest", "=", "\"ipython\"", ",", "action", "=", "\"store_true\"", ",", "help", "=", "\"drop to ipython session\"", ")", "parser", ".", "add_argument", "(", "'-H'", ",", "'--host'", ",", "help", "=", "'Hostname or ip for target device'", ",", "action", "=", "'store'", ",", "default", "=", "'localhost'", ")", "parser", ".", "add_argument", "(", "'-P'", ",", "'--port'", ",", "help", "=", "'Port for target device'", ",", "action", "=", "'store'", ",", "default", "=", "2828", ")", "parser", ".", "add_argument", "(", "'-m'", ",", "'--mode'", ",", "help", "=", "'Test mode (stingray, phone) default (phone)'", ",", "action", "=", "'store'", ",", "default", "=", "'phone'", ")", "parser", ".", "add_argument", "(", "\"-v\"", ",", "dest", "=", "\"verbose\"", ",", "action", "=", "\"store_true\"", ",", "help", "=", "\"Verbose output\"", ")", "# add specialized mozilla logger options", "commandline", ".", "add_logging_group", "(", "parser", ")", "args", "=", "parser", ".", "parse_args", "(", ")", "# set up mozilla logger", "logger", "=", "commandline", ".", "setup_logging", "(", "\"securitysuite\"", ",", "vars", "(", "args", ")", ",", "{", "\"raw\"", ":", "sys", ".", "stdout", "}", ")", "try", ":", "if", "args", ".", "list_test_groups", ":", "for", "group", "in", "ExtraTest", ".", "group_list", "(", "args", ".", "mode", ")", ":", "print", "group", "elif", "args", ".", "list_all_tests", ":", "for", "test", "in", "ExtraTest", ".", "test_list", "(", "args", ".", "mode", ")", ":", "print", "\"%s.%s\"", "%", "(", "test", ".", "group", ",", "test", ".", "__name__", ")", "elif", "args", ".", "ipython", ":", "from", "IPython", "import", "embed", "embed", "(", ")", "elif", "args", ".", "mode", "==", "'stingray'", ":", "logger", ".", "debug", "(", "\"security cli runnng with args %s\"", "%", "args", ")", "ExtraTest", ".", "run_groups", "(", "args", ".", "include", ",", "version", "=", "args", ".", "version", ",", "host", "=", "args", ".", "host", ",", "port", "=", "int", "(", "args", ".", "port", ")", ",", "mode", "=", "args", ".", "mode", ")", "else", ":", "logger", ".", "debug", "(", "\"security cli runnng with args %s\"", "%", "args", ")", "wait_for_adb_device", "(", ")", "if", "not", "adb_has_root", "(", ")", ":", "logger", ".", "warning", "(", "\"adb has no root. Results will be incomplete.\"", ")", "ExtraTest", ".", "run_groups", "(", "args", ".", "include", ",", "version", "=", "args", ".", "version", ")", "except", ":", "logger", ".", "critical", "(", "traceback", ".", "format_exc", "(", ")", ")", "raise" ]

[ "def", "send_with_template", "(", "message", ",", "api_key", "=", "None", ",", "secure", "=", "None", ",", "test", "=", "None", ",", "*", "*", "request_args", ")", ":", "return", "_default_pyst_template_sender", ".", "send", "(", "message", "=", "message", ",", "api_key", "=", "api_key", ",", "secure", "=", "secure", ",", "test", "=", "test", ",", "*", "*", "request_args", ")" ]

[ "def", "mac", "(", "self", ",", "algorithm", ",", "key", ",", "data", ")", ":", "mac_data", "=", "None", "if", "algorithm", "in", "self", ".", "_hash_algorithms", ".", "keys", "(", ")", ":", "self", ".", "logger", ".", "info", "(", "\"Generating a hash-based message authentication code using \"", "\"{0}\"", ".", "format", "(", "algorithm", ".", "name", ")", ")", "hash_algorithm", "=", "self", ".", "_hash_algorithms", ".", "get", "(", "algorithm", ")", "try", ":", "h", "=", "hmac", ".", "HMAC", "(", "key", ",", "hash_algorithm", "(", ")", ",", "backend", "=", "default_backend", "(", ")", ")", "h", ".", "update", "(", "data", ")", "mac_data", "=", "h", ".", "finalize", "(", ")", "except", "Exception", "as", "e", ":", "self", ".", "logger", ".", "exception", "(", "e", ")", "raise", "exceptions", ".", "CryptographicFailure", "(", "\"An error occurred while computing an HMAC. \"", "\"See the server log for more information.\"", ")", "elif", "algorithm", "in", "self", ".", "_symmetric_key_algorithms", ".", "keys", "(", ")", ":", "self", ".", "logger", ".", "info", "(", "\"Generating a cipher-based message authentication code using \"", "\"{0}\"", ".", "format", "(", "algorithm", ".", "name", ")", ")", "cipher_algorithm", "=", "self", ".", "_symmetric_key_algorithms", ".", "get", "(", "algorithm", ")", "try", ":", "# ARC4 and IDEA algorithms will raise exception as CMAC", "# requires block ciphers", "c", "=", "cmac", ".", "CMAC", "(", "cipher_algorithm", "(", "key", ")", ",", "backend", "=", "default_backend", "(", ")", ")", "c", ".", "update", "(", "data", ")", "mac_data", "=", "c", ".", "finalize", "(", ")", "except", "Exception", "as", "e", ":", "raise", "exceptions", ".", "CryptographicFailure", "(", "\"An error occurred while computing a CMAC. \"", "\"See the server log for more information.\"", ")", "else", ":", "raise", "exceptions", ".", "InvalidField", "(", "\"The cryptographic algorithm ({0}) is not a supported \"", "\"for a MAC operation.\"", ".", "format", "(", "algorithm", ")", ")", "return", "mac_data" ]

[ "def", "adam7_generate", "(", "width", ",", "height", ")", ":", "for", "xstart", ",", "ystart", ",", "xstep", ",", "ystep", "in", "adam7", ":", "if", "xstart", ">=", "width", ":", "continue", "yield", "(", "(", "xstart", ",", "y", ",", "xstep", ")", "for", "y", "in", "range", "(", "ystart", ",", "height", ",", "ystep", ")", ")" ]

[ "def", "apply_network_settings", "(", "*", "*", "settings", ")", ":", "if", "__grains__", "[", "'lsb_distrib_id'", "]", "==", "'nilrt'", ":", "raise", "salt", ".", "exceptions", ".", "CommandExecutionError", "(", "'Not supported in this version.'", ")", "if", "'require_reboot'", "not", "in", "settings", ":", "settings", "[", "'require_reboot'", "]", "=", "False", "if", "'apply_hostname'", "not", "in", "settings", ":", "settings", "[", "'apply_hostname'", "]", "=", "False", "hostname_res", "=", "True", "if", "settings", "[", "'apply_hostname'", "]", "in", "_CONFIG_TRUE", ":", "if", "'hostname'", "in", "settings", ":", "hostname_res", "=", "__salt__", "[", "'network.mod_hostname'", "]", "(", "settings", "[", "'hostname'", "]", ")", "else", ":", "log", ".", "warning", "(", "'The network state sls is trying to apply hostname '", "'changes but no hostname is defined.'", ")", "hostname_res", "=", "False", "res", "=", "True", "if", "settings", "[", "'require_reboot'", "]", "in", "_CONFIG_TRUE", ":", "log", ".", "warning", "(", "'The network state sls is requiring a reboot of the system to '", "'properly apply network configuration.'", ")", "res", "=", "True", "else", ":", "stop", "=", "__salt__", "[", "'service.stop'", "]", "(", "'connman'", ")", "time", ".", "sleep", "(", "2", ")", "res", "=", "stop", "and", "__salt__", "[", "'service.start'", "]", "(", "'connman'", ")", "return", "hostname_res", "and", "res" ]

[ "def", "to_find", "(", "self", ")", ":", "kwd", "=", "{", "'pager'", ":", "''", "}", "self", ".", "render", "(", "'user/info_list/most.html'", ",", "topmenu", "=", "''", ",", "userinfo", "=", "self", ".", "userinfo", ",", "kwd", "=", "kwd", ")" ]

[ "def", "associate", "(", "self", ",", "eip_or_aid", ",", "instance_id", "=", "''", ",", "network_interface_id", "=", "''", ",", "private_ip", "=", "''", ")", ":", "if", "\".\"", "in", "eip_or_aid", ":", "# If an IP is given (Classic)", "return", "self", ".", "call", "(", "\"AssociateAddress\"", ",", "PublicIp", "=", "eip_or_aid", ",", "InstanceId", "=", "instance_id", ",", "NetworkInterfaceId", "=", "network_interface_id", ",", "PrivateIpAddress", "=", "private_ip", ")", "else", ":", "# If an AID is given (VPC)", "return", "self", ".", "call", "(", "\"AssociateAddress\"", ",", "AllocationId", "=", "eip_or_aid", ",", "InstanceId", "=", "instance_id", ",", "NetworkInterfaceId", "=", "network_interface_id", ",", "PrivateIpAddress", "=", "private_ip", ")" ]

[ "def", "popone", "(", "self", ",", "key", ",", "*", "default", ")", ":", "try", ":", "value", "=", "self", "[", "key", "]", "except", "KeyError", ":", "if", "default", ":", "return", "default", "[", "0", "]", "raise", "# Delete this one.", "self", ".", "_remove_pairs", "(", "[", "self", ".", "_key_ids", "[", "self", ".", "_conform_key", "(", "key", ")", "]", ".", "pop", "(", "0", ")", "]", ")", "return", "value" ]

[ "def", "to_string", "(", "type", ")", ":", "if", "type", "==", "None", ":", "return", "\"unknown\"", "elif", "type", "==", "TypeCode", ".", "Unknown", ":", "return", "\"unknown\"", "elif", "type", "==", "TypeCode", ".", "String", ":", "return", "\"string\"", "elif", "type", "==", "TypeCode", ".", "Integer", ":", "return", "\"integer\"", "elif", "type", "==", "TypeCode", ".", "Long", ":", "return", "\"long\"", "elif", "type", "==", "TypeCode", ".", "Float", ":", "return", "\"float\"", "elif", "type", "==", "TypeCode", ".", "Double", ":", "return", "\"double\"", "elif", "type", "==", "TypeCode", ".", "Duration", ":", "return", "\"duration\"", "elif", "type", "==", "TypeCode", ".", "DateTime", ":", "return", "\"datetime\"", "elif", "type", "==", "TypeCode", ".", "Object", ":", "return", "\"object\"", "elif", "type", "==", "TypeCode", ".", "Enum", ":", "return", "\"enum\"", "elif", "type", "==", "TypeCode", ".", "Array", ":", "return", "\"array\"", "elif", "type", "==", "TypeCode", ".", "Map", ":", "return", "\"map\"", "else", ":", "return", "\"unknown\"" ]

[ "def", "applymap", "(", "self", ",", "func", ",", "subset", "=", "None", ",", "*", "*", "kwargs", ")", ":", "self", ".", "_todo", ".", "append", "(", "(", "lambda", "instance", ":", "getattr", "(", "instance", ",", "'_applymap'", ")", ",", "(", "func", ",", "subset", ")", ",", "kwargs", ")", ")", "return", "self" ]

[ "def", "add_get", "(", "self", ",", "path", ",", "controller", ",", "template", ",", "raw", "=", "False", ")", ":", "if", "raw", ":", "fn", "=", "controller", "else", ":", "fn", "=", "self", ".", "_prepare_controller", "(", "controller", ",", "template", ")", "self", ".", "app", ".", "router", ".", "add_get", "(", "path", ",", "fn", ")" ]

[ "def", "save_data", "(", "self", ",", "*", ",", "data_filter", "=", "None", ",", "redownload", "=", "False", ",", "max_threads", "=", "None", ",", "raise_download_errors", "=", "False", ")", ":", "self", ".", "_preprocess_request", "(", "True", ",", "False", ")", "self", ".", "_execute_data_download", "(", "data_filter", ",", "redownload", ",", "max_threads", ",", "raise_download_errors", ")" ]

[ "def", "get_paginated_response", "(", "data", ",", "request", ")", ":", "url", "=", "urlparse", "(", "request", ".", "build_absolute_uri", "(", ")", ")", ".", "_replace", "(", "query", "=", "None", ")", ".", "geturl", "(", ")", "next_page", "=", "None", "previous_page", "=", "None", "if", "data", "[", "'next'", "]", ":", "next_page", "=", "\"{base_url}?{query_parameters}\"", ".", "format", "(", "base_url", "=", "url", ",", "query_parameters", "=", "urlparse", "(", "data", "[", "'next'", "]", ")", ".", "query", ",", ")", "next_page", "=", "next_page", ".", "rstrip", "(", "'?'", ")", "if", "data", "[", "'previous'", "]", ":", "previous_page", "=", "\"{base_url}?{query_parameters}\"", ".", "format", "(", "base_url", "=", "url", ",", "query_parameters", "=", "urlparse", "(", "data", "[", "'previous'", "]", "or", "\"\"", ")", ".", "query", ",", ")", "previous_page", "=", "previous_page", ".", "rstrip", "(", "'?'", ")", "return", "Response", "(", "OrderedDict", "(", "[", "(", "'count'", ",", "data", "[", "'count'", "]", ")", ",", "(", "'next'", ",", "next_page", ")", ",", "(", "'previous'", ",", "previous_page", ")", ",", "(", "'results'", ",", "data", "[", "'results'", "]", ")", "]", ")", ")" ]

[ "def", "get_sdb_secret_version_paths", "(", "self", ",", "sdb_id", ")", ":", "sdb_resp", "=", "get_with_retry", "(", "str", ".", "join", "(", "''", ",", "[", "self", ".", "cerberus_url", ",", "'/v1/sdb-secret-version-paths/'", ",", "sdb_id", "]", ")", ",", "headers", "=", "self", ".", "HEADERS", ")", "throw_if_bad_response", "(", "sdb_resp", ")", "return", "sdb_resp", ".", "json", "(", ")" ]

[ "def", "js", "(", "request", ")", ":", "userid", "=", "authenticated_userid", "(", "request", ")", "user", "=", "markupsafe", ".", "Markup", "(", "\"'%s'\"", ")", "%", "userid", "if", "userid", "else", "\"null\"", "redirect_paramater", "=", "request", ".", "registry", "[", "'persona.redirect_url_parameter'", "]", "came_from", "=", "'%s%s'", "%", "(", "request", ".", "host_url", ",", "request", ".", "GET", ".", "get", "(", "redirect_paramater", ",", "request", ".", "path_qs", ")", ")", "data", "=", "{", "'user'", ":", "user", ",", "'login'", ":", "request", ".", "route_path", "(", "request", ".", "registry", "[", "'persona.login_route'", "]", ")", ",", "'logout'", ":", "request", ".", "route_path", "(", "request", ".", "registry", "[", "'persona.logout_route'", "]", ")", ",", "'csrf_token'", ":", "request", ".", "session", ".", "get_csrf_token", "(", ")", ",", "'came_from'", ":", "came_from", ",", "'request_params'", ":", "markupsafe", ".", "Markup", "(", "request", ".", "registry", "[", "'persona.request_params'", "]", ")", ",", "}", "template", "=", "markupsafe", ".", "Markup", "(", "pkg_resources", ".", "resource_string", "(", "'pyramid_persona'", ",", "'templates/persona.js'", ")", ".", "decode", "(", ")", ")", "return", "template", "%", "data" ]

[ "def", "sanitize_command_options", "(", "options", ")", ":", "multiples", "=", "[", "'badges'", ",", "'exclude_badges'", ",", "]", "for", "option", "in", "multiples", ":", "if", "options", ".", "get", "(", "option", ")", ":", "value", "=", "options", "[", "option", "]", "if", "value", ":", "options", "[", "option", "]", "=", "[", "v", "for", "v", "in", "value", ".", "split", "(", "' '", ")", "if", "v", "]", "return", "options" ]

[ "def", "_child_list", "(", "element", ",", "child_tagname", ")", ":", "xpath", "=", "'./%s'", "%", "child_tagname", "return", "element", ".", "xpath", "(", "xpath", ",", "namespaces", "=", "nsmap", ")" ]

[ "def", "transform", "(", "self", ",", "trans", ")", ":", "if", "isinstance", "(", "trans", ",", "vtk", ".", "vtkMatrix4x4", ")", ":", "t", "=", "vtki", ".", "trans_from_matrix", "(", "trans", ")", "elif", "isinstance", "(", "trans", ",", "vtk", ".", "vtkTransform", ")", ":", "t", "=", "vtki", ".", "trans_from_matrix", "(", "trans", ".", "GetMatrix", "(", ")", ")", "elif", "isinstance", "(", "trans", ",", "np", ".", "ndarray", ")", ":", "if", "trans", ".", "shape", "[", "0", "]", "!=", "4", "or", "trans", ".", "shape", "[", "1", "]", "!=", "4", ":", "raise", "Exception", "(", "'Transformation array must be 4x4'", ")", "t", "=", "trans", "else", ":", "raise", "TypeError", "(", "'Input transform must be either:\\n'", "+", "'\\tvtk.vtkMatrix4x4\\n'", "+", "'\\tvtk.vtkTransform\\n'", "+", "'\\t4x4 np.ndarray\\n'", ")", "x", "=", "(", "self", ".", "points", "*", "t", "[", "0", ",", ":", "3", "]", ")", ".", "sum", "(", "1", ")", "+", "t", "[", "0", ",", "-", "1", "]", "y", "=", "(", "self", ".", "points", "*", "t", "[", "1", ",", ":", "3", "]", ")", ".", "sum", "(", "1", ")", "+", "t", "[", "1", ",", "-", "1", "]", "z", "=", "(", "self", ".", "points", "*", "t", "[", "2", ",", ":", "3", "]", ")", ".", "sum", "(", "1", ")", "+", "t", "[", "2", ",", "-", "1", "]", "# overwrite points", "self", ".", "points", "[", ":", ",", "0", "]", "=", "x", "self", ".", "points", "[", ":", ",", "1", "]", "=", "y", "self", ".", "points", "[", ":", ",", "2", "]", "=", "z" ]

[ "def", "average", "(", "arr", ")", ":", "if", "len", "(", "arr", ")", "==", "0", ":", "sys", ".", "stderr", ".", "write", "(", "\"ERROR: no content in array to take average\\n\"", ")", "sys", ".", "exit", "(", ")", "if", "len", "(", "arr", ")", "==", "1", ":", "return", "arr", "[", "0", "]", "return", "float", "(", "sum", "(", "arr", ")", ")", "/", "float", "(", "len", "(", "arr", ")", ")" ]

[ "def", "TYPEDEF", "(", "self", ",", "_cursor_type", ")", ":", "_decl", "=", "_cursor_type", ".", "get_declaration", "(", ")", "name", "=", "self", ".", "get_unique_name", "(", "_decl", ")", "if", "self", ".", "is_registered", "(", "name", ")", ":", "obj", "=", "self", ".", "get_registered", "(", "name", ")", "else", ":", "log", ".", "debug", "(", "'Was in TYPEDEF but had to parse record declaration for %s'", ",", "name", ")", "obj", "=", "self", ".", "parse_cursor", "(", "_decl", ")", "return", "obj" ]

[ "def", "download_attachments", "(", "self", ")", ":", "if", "not", "self", ".", "_parent", ".", "has_attachments", ":", "log", ".", "debug", "(", "'Parent {} has no attachments, skipping out early.'", ".", "format", "(", "self", ".", "_parent", ".", "__class__", ".", "__name__", ")", ")", "return", "False", "if", "not", "self", ".", "_parent", ".", "object_id", ":", "raise", "RuntimeError", "(", "'Attempted to download attachments of an unsaved {}'", ".", "format", "(", "self", ".", "_parent", ".", "__class__", ".", "__name__", ")", ")", "url", "=", "self", ".", "build_url", "(", "self", ".", "_endpoints", ".", "get", "(", "'attachments'", ")", ".", "format", "(", "id", "=", "self", ".", "_parent", ".", "object_id", ")", ")", "response", "=", "self", ".", "_parent", ".", "con", ".", "get", "(", "url", ")", "if", "not", "response", ":", "return", "False", "attachments", "=", "response", ".", "json", "(", ")", ".", "get", "(", "'value'", ",", "[", "]", ")", "# Everything received from cloud must be passed as self._cloud_data_key", "self", ".", "untrack", "=", "True", "self", ".", "add", "(", "{", "self", ".", "_cloud_data_key", ":", "attachments", "}", ")", "self", ".", "untrack", "=", "False", "# TODO: when it's a item attachment the attachment itself", "# is not downloaded. We must download it...", "# TODO: idea: retrieve the attachments ids' only with", "# select and then download one by one.", "return", "True" ]

[ "def", "_bfill", "(", "arr", ",", "n", "=", "None", ",", "axis", "=", "-", "1", ")", ":", "import", "bottleneck", "as", "bn", "arr", "=", "np", ".", "flip", "(", "arr", ",", "axis", "=", "axis", ")", "# fill", "arr", "=", "bn", ".", "push", "(", "arr", ",", "axis", "=", "axis", ",", "n", "=", "n", ")", "# reverse back to original", "return", "np", ".", "flip", "(", "arr", ",", "axis", "=", "axis", ")" ]

[ "def", "is_ternary", "(", "self", ",", "keyword", ")", ":", "return", "keyword", "in", "{", "'if'", ":", "set", "(", "[", "'else'", ",", "'elif'", "]", ")", ",", "'try'", ":", "set", "(", "[", "'except'", ",", "'finally'", "]", ")", ",", "'for'", ":", "set", "(", "[", "'else'", "]", ")", "}", ".", "get", "(", "self", ".", "keyword", ",", "[", "]", ")" ]

[ "def", "compress", "(", "self", ",", "setup", ")", ":", "designated", "=", "set", "(", "setup", ".", "nodes", ")", "zipped", "=", "self", ".", "copy", "(", ")", "marked", "=", "[", "(", "n", ",", "d", ")", "for", "n", ",", "d", "in", "self", ".", "nodes", "(", "data", "=", "True", ")", "if", "n", "not", "in", "designated", "and", "not", "d", ".", "get", "(", "'compressed'", ",", "False", ")", "]", "while", "marked", ":", "for", "node", ",", "_", "in", "sorted", "(", "marked", ")", ":", "backward", "=", "zipped", ".", "predecessors", "(", "node", ")", "forward", "=", "zipped", ".", "successors", "(", "node", ")", "if", "not", "backward", "or", "(", "len", "(", "backward", ")", "==", "1", "and", "not", "backward", "[", "0", "]", "in", "forward", ")", ":", "self", ".", "__merge_source_targets", "(", "node", ",", "zipped", ")", "elif", "not", "forward", "or", "(", "len", "(", "forward", ")", "==", "1", "and", "not", "forward", "[", "0", "]", "in", "backward", ")", ":", "self", ".", "__merge_target_sources", "(", "node", ",", "zipped", ")", "else", ":", "designated", ".", "add", "(", "node", ")", "marked", "=", "[", "(", "n", ",", "d", ")", "for", "n", ",", "d", "in", "self", ".", "nodes", "(", "data", "=", "True", ")", "if", "n", "not", "in", "designated", "and", "not", "d", ".", "get", "(", "'compressed'", ",", "False", ")", "]", "not_compressed", "=", "[", "(", "n", ",", "d", ")", "for", "n", ",", "d", "in", "zipped", ".", "nodes", "(", "data", "=", "True", ")", "if", "not", "d", ".", "get", "(", "'compressed'", ",", "False", ")", "]", "return", "zipped", ".", "subgraph", "(", "[", "n", "for", "n", ",", "_", "in", "not_compressed", "]", ")" ]

[ "def", "disable", "(", "self", ",", "msgid", ",", "scope", "=", "\"package\"", ",", "line", "=", "None", ",", "ignore_unknown", "=", "False", ")", ":", "self", ".", "_set_msg_status", "(", "msgid", ",", "enable", "=", "False", ",", "scope", "=", "scope", ",", "line", "=", "line", ",", "ignore_unknown", "=", "ignore_unknown", ")", "self", ".", "_register_by_id_managed_msg", "(", "msgid", ",", "line", ")" ]

[ "def", "get_groups_from_category", "(", "self", ",", "category", ")", "->", "typing", ".", "Iterator", "[", "'Group'", "]", ":", "Mission", ".", "validator_group_category", ".", "validate", "(", "category", ",", "'get_groups_from_category'", ")", "for", "group", "in", "self", ".", "groups", ":", "if", "group", ".", "group_category", "==", "category", ":", "yield", "group" ]

[ "def", "in_nested_list", "(", "nested_list", ",", "obj", ")", ":", "for", "elmt", "in", "nested_list", ":", "if", "isinstance", "(", "elmt", ",", "(", "list", ",", "tuple", ")", ")", ":", "if", "in_nested_list", "(", "elmt", ",", "obj", ")", ":", "return", "True", "elif", "elmt", "==", "obj", ":", "return", "True", "return", "False" ]

[ "def", "ack", "(", "self", ",", "msg", ")", ":", "self", ".", "log", ".", "info", "(", "\"senderID:%s Received: %s \"", "%", "(", "self", ".", "senderID", ",", "msg", "[", "'body'", "]", ")", ")", "return", "stomper", ".", "NO_REPONSE_NEEDED" ]

[ "def", "t_IDENTIFIER", "(", "t", ")", ":", "if", "t", ".", "value", "in", "keywords", ":", "t", ".", "type", "=", "t", ".", "value", "return", "t" ]

[ "def", "passthrough_proc", "(", "self", ",", "inputstring", ",", "*", "*", "kwargs", ")", ":", "out", "=", "[", "]", "found", "=", "None", "# store of characters that might be the start of a passthrough", "hold", "=", "None", "# the contents of the passthrough so far", "count", "=", "None", "# current parenthetical level (num closes - num opens)", "multiline", "=", "None", "# if in a passthrough, is it a multiline passthrough", "skips", "=", "self", ".", "copy_skips", "(", ")", "for", "i", ",", "c", "in", "enumerate", "(", "append_it", "(", "inputstring", ",", "\"\\n\"", ")", ")", ":", "if", "hold", "is", "not", "None", ":", "# we specify that we only care about parens, not brackets or braces", "count", "+=", "paren_change", "(", "c", ",", "opens", "=", "\"(\"", ",", "closes", "=", "\")\"", ")", "if", "count", ">=", "0", "and", "c", "==", "hold", ":", "out", ".", "append", "(", "self", ".", "wrap_passthrough", "(", "found", ",", "multiline", ")", ")", "found", "=", "None", "hold", "=", "None", "count", "=", "None", "multiline", "=", "None", "else", ":", "if", "c", "==", "\"\\n\"", ":", "skips", "=", "addskip", "(", "skips", ",", "self", ".", "adjust", "(", "lineno", "(", "i", ",", "inputstring", ")", ")", ")", "found", "+=", "c", "elif", "found", ":", "if", "c", "==", "\"\\\\\"", ":", "found", "=", "\"\"", "hold", "=", "\"\\n\"", "count", "=", "0", "multiline", "=", "False", "elif", "c", "==", "\"(\"", ":", "found", "=", "\"\"", "hold", "=", "\")\"", "count", "=", "-", "1", "multiline", "=", "True", "else", ":", "out", ".", "append", "(", "\"\\\\\"", "+", "c", ")", "found", "=", "None", "elif", "c", "==", "\"\\\\\"", ":", "found", "=", "True", "else", ":", "out", ".", "append", "(", "c", ")", "if", "hold", "is", "not", "None", "or", "found", "is", "not", "None", ":", "raise", "self", ".", "make_err", "(", "CoconutSyntaxError", ",", "\"unclosed passthrough\"", ",", "inputstring", ",", "i", ")", "self", ".", "set_skips", "(", "skips", ")", "return", "\"\"", ".", "join", "(", "out", ")" ]

[ "def", "converge", "(", "self", ",", "playbook", "=", "None", ",", "*", "*", "kwargs", ")", ":", "if", "playbook", "is", "None", ":", "pb", "=", "self", ".", "_get_ansible_playbook", "(", "self", ".", "playbooks", ".", "converge", ",", "*", "*", "kwargs", ")", "else", ":", "pb", "=", "self", ".", "_get_ansible_playbook", "(", "playbook", ",", "*", "*", "kwargs", ")", "return", "pb", ".", "execute", "(", ")" ]

[ "def", "add_options", "(", "parser", ")", ":", "partial_action", "=", "common", ".", "partial_append_action", "file_mods", "=", "parser", ".", "add_argument_group", "(", "\"Sequence File Modification\"", ")", "file_mods", ".", "add_argument", "(", "'--line-wrap'", ",", "dest", "=", "'line_wrap'", ",", "metavar", "=", "'N'", ",", "type", "=", "int", ",", "help", "=", "'Adjust line wrap for sequence strings. '", "'When N is 0, all line breaks are removed. Only fasta files '", "'are supported for the output format.'", ")", "file_mods", ".", "add_argument", "(", "'--sort'", ",", "dest", "=", "'sort'", ",", "choices", "=", "[", "'length-asc'", ",", "'length-desc'", ",", "'name-asc'", ",", "'name-desc'", "]", ",", "help", "=", "'Perform sorting by length or name, ascending or descending. '", "'ASCII sorting is performed for names'", ")", "parser", ".", "epilog", "=", "\"\"\"Filters using regular expressions are case-sensitive\n by default. Append \"(?i)\" to a pattern to make it case-insensitive.\"\"\"", "seq_mods", "=", "parser", ".", "add_argument_group", "(", "\"Sequence Modificaton\"", ")", "seq_mods", ".", "add_argument", "(", "'--apply-function'", ",", "type", "=", "module_function", ",", "metavar", "=", "'/path/to/module.py:function_name[:parameter]'", ",", "help", "=", "\"\"\"Specify a custom function to apply to the input sequences,\n specified as /path/to/file.py:function_name. Function should accept\n an iterable of Bio.SeqRecord objects, and yield SeqRecords. If the\n parameter is specified, it will be passed as a string as the second\n argument to the function. Specify more than one to chain.\"\"\"", ",", "default", "=", "[", "]", ",", "action", "=", "'append'", ")", "seq_mods", ".", "add_argument", "(", "'--cut'", ",", "dest", "=", "'transforms'", ",", "metavar", "=", "\"start:end[,start2:end2]\"", ",", "type", "=", "common", ".", "sequence_slices", ",", "action", "=", "partial_action", "(", "transform", ".", "multi_cut_sequences", ",", "'slices'", ")", ",", "help", "=", "\"\"\"Keep only the residues within the 1-indexed start and end\n positions specified, : separated. Includes last item. Start or end\n can be left unspecified to indicate start/end of sequence. A\n negative start may be provided to indicate an offset from the end\n of the sequence. Note that to prevent negative numbers being\n interpreted as flags, this should be written with an equals\n sign between `--cut` and the argument, e.g.: `--cut=-10:`\"\"\"", ")", "seq_mods", ".", "add_argument", "(", "'--relative-to'", ",", "dest", "=", "'cut_relative'", ",", "metavar", "=", "'ID'", ",", "help", "=", "\"\"\"Apply --cut relative to the indexes of non-gap residues in\n sequence identified by ID\"\"\"", ")", "seq_mods", ".", "add_argument", "(", "'--drop'", ",", "dest", "=", "'transforms'", ",", "metavar", "=", "'start:end[,start2:end2]'", ",", "type", "=", "common", ".", "sequence_slices", ",", "action", "=", "partial_action", "(", "transform", ".", "drop_columns", ",", "'slices'", ")", ",", "help", "=", "\"\"\"Remove the residues at the specified indices. Same format as `--cut`.\"\"\"", ")", "seq_mods", ".", "add_argument", "(", "'--dash-gap'", ",", "action", "=", "partial_action", "(", "transform", ".", "dashes_cleanup", ")", ",", "dest", "=", "'transforms'", ",", "help", "=", "\"\"\"Replace any of the characters \"?.:~\" with a \"-\" for all\n sequences\"\"\"", ")", "seq_mods", ".", "add_argument", "(", "'--lower'", ",", "action", "=", "partial_action", "(", "transform", ".", "lower_sequences", ")", ",", "dest", "=", "'transforms'", ",", "help", "=", "'Translate the sequences to lower case'", ")", "seq_mods", ".", "add_argument", "(", "'--mask'", ",", "metavar", "=", "\"start1:end1[,start2:end2]\"", ",", "action", "=", "partial_action", "(", "transform", ".", "multi_mask_sequences", ",", "'slices'", ")", ",", "type", "=", "common", ".", "sequence_slices", ",", "dest", "=", "'transforms'", ",", "help", "=", "\"\"\"Replace\n residues in 1-indexed slice with gap-characters. If --relative-to\n is also specified, coordinates are relative to the sequence ID\n provided.\"\"\"", ")", "seq_mods", ".", "add_argument", "(", "'--reverse'", ",", "action", "=", "partial_action", "(", "transform", ".", "reverse_sequences", ")", ",", "dest", "=", "'transforms'", ",", "help", "=", "'Reverse the order of sites in sequences'", ")", "seq_mods", ".", "add_argument", "(", "'--reverse-complement'", ",", "dest", "=", "'transforms'", ",", "action", "=", "partial_action", "(", "transform", ".", "reverse_complement_sequences", ")", ",", "help", "=", "'Convert sequences into reverse complements'", ")", "seq_mods", ".", "add_argument", "(", "'--squeeze'", ",", "action", "=", "partial_action", "(", "transform", ".", "squeeze", ")", ",", "dest", "=", "'transforms'", ",", "help", "=", "'''Remove any gaps that are present in the same\n position across all sequences in an alignment (equivalent to\n --squeeze-threshold=1.0)'''", ")", "seq_mods", ".", "add_argument", "(", "'--squeeze-threshold'", ",", "dest", "=", "'transforms'", ",", "action", "=", "partial_action", "(", "transform", ".", "squeeze", ",", "'gap_threshold'", ")", ",", "type", "=", "common", ".", "typed_range", "(", "float", ",", "0.0", ",", "1.0", ")", ",", "metavar", "=", "'PROP'", ",", "help", "=", "\"\"\"Trim columns from an alignment which\n have gaps in least the specified proportion of sequences.\"\"\"", ")", "seq_mods", ".", "add_argument", "(", "'--transcribe'", ",", "dest", "=", "'transforms'", ",", "action", "=", "partial_action", "(", "transform", ".", "transcribe", ",", "'transcribe'", ")", ",", "choices", "=", "(", "'dna2rna'", ",", "'rna2dna'", ")", ",", "help", "=", "\"\"\"Transcription and back\n transcription for generic DNA and RNA. Source sequences must be the\n correct alphabet or this action will likely produce incorrect\n results.\"\"\"", ")", "seq_mods", ".", "add_argument", "(", "'--translate'", ",", "dest", "=", "'transforms'", ",", "action", "=", "partial_action", "(", "transform", ".", "translate", ",", "'translate'", ")", ",", "choices", "=", "[", "'dna2protein'", ",", "'rna2protein'", ",", "'dna2proteinstop'", ",", "'rna2proteinstop'", "]", ",", "help", "=", "\"\"\"Translate from generic DNA/RNA to\n proteins. Options with \"stop\" suffix will NOT translate through\n stop codons . Source sequences must be the correct alphabet or\n this action will likely produce incorrect results.\"\"\"", ")", "seq_mods", ".", "add_argument", "(", "'--ungap'", ",", "action", "=", "partial_action", "(", "transform", ".", "ungap_sequences", ")", ",", "dest", "=", "'transforms'", ",", "help", "=", "'Remove gaps in the sequence alignment'", ")", "seq_mods", ".", "add_argument", "(", "'--upper'", ",", "action", "=", "partial_action", "(", "transform", ".", "upper_sequences", ")", ",", "dest", "=", "'transforms'", ",", "help", "=", "'Translate the sequences to upper case'", ")", "seq_select", "=", "parser", ".", "add_argument_group", "(", "\"Record Selection\"", ")", "seq_select", ".", "add_argument", "(", "'--deduplicate-sequences'", ",", "action", "=", "'store_const'", ",", "const", "=", "None", ",", "default", "=", "False", ",", "dest", "=", "'deduplicate_sequences'", ",", "help", "=", "'Remove any duplicate sequences '", "'by sequence content, keep the first instance seen'", ")", "seq_select", ".", "add_argument", "(", "'--deduplicated-sequences-file'", ",", "action", "=", "'store'", ",", "metavar", "=", "'FILE'", ",", "dest", "=", "'deduplicate_sequences'", ",", "default", "=", "False", ",", "type", "=", "common", ".", "FileType", "(", "'wt'", ")", ",", "help", "=", "'Write all of the deduplicated sequences to a file'", ")", "seq_select", ".", "add_argument", "(", "'--deduplicate-taxa'", ",", "action", "=", "partial_action", "(", "transform", ".", "deduplicate_taxa", ")", ",", "dest", "=", "'transforms'", ",", "help", "=", "\"\"\"Remove any duplicate sequences by ID,\n keep the first instance seen\"\"\"", ")", "seq_select", ".", "add_argument", "(", "'--exclude-from-file'", ",", "metavar", "=", "'FILE'", ",", "type", "=", "common", ".", "FileType", "(", "'rt'", ")", ",", "help", "=", "\"\"\"Filter sequences, removing\n those sequence IDs in the specified file\"\"\"", ",", "dest", "=", "'transforms'", ",", "action", "=", "partial_action", "(", "transform", ".", "exclude_from_file", ",", "'handle'", ")", ")", "seq_select", ".", "add_argument", "(", "'--include-from-file'", ",", "metavar", "=", "'FILE'", ",", "type", "=", "common", ".", "FileType", "(", "'rt'", ")", ",", "help", "=", "\"\"\"Filter sequences, keeping only\n those sequence IDs in the specified file\"\"\"", ",", "dest", "=", "'transforms'", ",", "action", "=", "partial_action", "(", "transform", ".", "include_from_file", ",", "'handle'", ")", ")", "seq_select", ".", "add_argument", "(", "'--head'", ",", "metavar", "=", "'N'", ",", "dest", "=", "'transforms'", ",", "action", "=", "partial_action", "(", "transform", ".", "head", ",", "'head'", ")", ",", "help", "=", "\"\"\"Trim\n down to top N sequences. With the leading `-', print all but the last N sequences.\"\"\"", ")", "seq_select", ".", "add_argument", "(", "'--max-length'", ",", "dest", "=", "'transforms'", ",", "metavar", "=", "'N'", ",", "action", "=", "partial_action", "(", "transform", ".", "max_length_discard", ",", "'max_length'", ")", ",", "type", "=", "int", ",", "help", "=", "\"\"\"Discard any sequences beyond the specified\n maximum length. This operation occurs *before* all length-changing\n options such as cut and squeeze.\"\"\"", ")", "seq_select", ".", "add_argument", "(", "'--min-length'", ",", "dest", "=", "'transforms'", ",", "metavar", "=", "'N'", ",", "action", "=", "partial_action", "(", "transform", ".", "min_length_discard", ",", "'min_length'", ")", ",", "type", "=", "int", ",", "help", "=", "\"\"\"Discard any sequences less than the specified\n minimum length. This operation occurs *before* cut and squeeze.\"\"\"", ")", "seq_select", ".", "add_argument", "(", "'--min-ungapped-length'", ",", "metavar", "=", "'N'", ",", "action", "=", "partial_action", "(", "transform", ".", "min_ungap_length_discard", ",", "'min_length'", ")", ",", "type", "=", "int", ",", "help", "=", "\"\"\"Discard any sequences less\n than the specified minimum length, excluding gaps. This\n operation occurs *before* cut and squeeze.\"\"\"", ",", "dest", "=", "'transforms'", ")", "seq_select", ".", "add_argument", "(", "'--pattern-include'", ",", "metavar", "=", "'REGEX'", ",", "action", "=", "partial_action", "(", "transform", ".", "name_include", ",", "'filter_regex'", ")", ",", "dest", "=", "'transforms'", ",", "help", "=", "\"\"\"Filter the sequences by regular\n expression in ID or description\"\"\"", ")", "seq_select", ".", "add_argument", "(", "'--pattern-exclude'", ",", "metavar", "=", "'REGEX'", ",", "action", "=", "partial_action", "(", "transform", ".", "name_exclude", ",", "'filter_regex'", ")", ",", "dest", "=", "'transforms'", ",", "help", "=", "\"\"\"Filter the sequences by regular\n expression in ID or description\"\"\"", ")", "seq_select", ".", "add_argument", "(", "'--prune-empty'", ",", "action", "=", "partial_action", "(", "transform", ".", "prune_empty", ")", ",", "dest", "=", "'transforms'", ",", "help", "=", "\"Prune sequences containing only gaps ('-')\"", ")", "seq_select", ".", "add_argument", "(", "'--sample'", ",", "metavar", "=", "'N'", ",", "dest", "=", "'transforms'", ",", "type", "=", "int", ",", "action", "=", "partial_action", "(", "transform", ".", "sample", ",", "'k'", ")", ",", "help", "=", "\"\"\" Select a random sampling of sequences \"\"\"", ")", "seq_select", ".", "add_argument", "(", "'--sample-seed'", ",", "metavar", "=", "'N'", ",", "type", "=", "int", ",", "help", "=", "\"\"\"Set random seed for sampling of sequences\"\"\"", ")", "seq_select", ".", "add_argument", "(", "'--seq-pattern-include'", ",", "metavar", "=", "'REGEX'", ",", "action", "=", "partial_action", "(", "transform", ".", "seq_include", ",", "'filter_regex'", ")", ",", "dest", "=", "'transforms'", ",", "help", "=", "\"\"\"Filter the sequences by regular\n expression in sequence\"\"\"", ")", "seq_select", ".", "add_argument", "(", "'--seq-pattern-exclude'", ",", "metavar", "=", "'REGEX'", ",", "action", "=", "partial_action", "(", "transform", ".", "seq_exclude", ",", "'filter_regex'", ")", ",", "dest", "=", "'transforms'", ",", "help", "=", "\"\"\"Filter the sequences by regular\n expression in sequence\"\"\"", ")", "seq_select", ".", "add_argument", "(", "'--tail'", ",", "metavar", "=", "'N'", ",", "dest", "=", "'transforms'", ",", "action", "=", "partial_action", "(", "transform", ".", "tail", ",", "'tail'", ")", ",", "help", "=", "\"\"\"Trim down to bottom N sequences. Use +N to output sequences starting with the Nth.\"\"\"", ")", "id_mods", "=", "parser", ".", "add_argument_group", "(", "\"Sequence ID Modification\"", ")", "id_mods", ".", "add_argument", "(", "'--first-name'", ",", "action", "=", "partial_action", "(", "transform", ".", "first_name_capture", ")", ",", "dest", "=", "'transforms'", ",", "help", "=", "'''Take only the first whitespace-delimited\n word as the name of the sequence'''", ")", "id_mods", ".", "add_argument", "(", "'--name-suffix'", ",", "metavar", "=", "'SUFFIX'", ",", "action", "=", "partial_action", "(", "transform", ".", "name_append_suffix", ",", "'suffix'", ")", ",", "dest", "=", "'transforms'", ",", "help", "=", "'Append a suffix to all IDs.'", ")", "id_mods", ".", "add_argument", "(", "'--name-prefix'", ",", "metavar", "=", "'PREFIX'", ",", "action", "=", "partial_action", "(", "transform", ".", "name_insert_prefix", ",", "'prefix'", ")", ",", "dest", "=", "'transforms'", ",", "help", "=", "\"\"\"Insert a prefix for all\n IDs.\"\"\"", ")", "id_mods", ".", "add_argument", "(", "'--pattern-replace'", ",", "nargs", "=", "2", ",", "metavar", "=", "(", "'search_pattern'", ",", "'replace_pattern'", ")", ",", "action", "=", "partial_action", "(", "transform", ".", "name_replace", ",", "(", "'search_regex'", ",", "'replace_pattern'", ")", ")", ",", "dest", "=", "'transforms'", ",", "help", "=", "\"\"\"Replace regex pattern \"search_pattern\"\n with \"replace_pattern\" in sequence ID and description\"\"\"", ")", "id_mods", ".", "add_argument", "(", "'--strip-range'", ",", "dest", "=", "'transforms'", ",", "action", "=", "partial_action", "(", "transform", ".", "strip_range", ")", ",", "help", "=", "\"\"\"Strip ranges\n from sequences IDs, matching </x-y>\"\"\"", ")", "format_group", "=", "parser", ".", "add_argument_group", "(", "'Format Options'", ")", "format_group", ".", "add_argument", "(", "'--input-format'", ",", "metavar", "=", "'FORMAT'", ",", "help", "=", "\"Input file format (default: determine from extension)\"", ")", "format_group", ".", "add_argument", "(", "'--output-format'", ",", "metavar", "=", "'FORMAT'", ",", "help", "=", "\"Output file format (default: determine from extension)\"", ")", "parser", ".", "add_argument", "(", "'--alphabet'", ",", "choices", "=", "ALPHABETS", ",", "help", "=", "\"\"\"Input alphabet. Required for writing NEXUS.\"\"\"", ")", "return", "parser" ]

[ "def", "download_supplementary_files", "(", "self", ",", "directory", "=", "'series'", ",", "download_sra", "=", "True", ",", "email", "=", "None", ",", "sra_kwargs", "=", "None", ",", "nproc", "=", "1", ")", ":", "if", "sra_kwargs", "is", "None", ":", "sra_kwargs", "=", "dict", "(", ")", "if", "directory", "==", "'series'", ":", "dirpath", "=", "os", ".", "path", ".", "abspath", "(", "self", ".", "get_accession", "(", ")", "+", "\"_Supp\"", ")", "utils", ".", "mkdir_p", "(", "dirpath", ")", "else", ":", "dirpath", "=", "os", ".", "path", ".", "abspath", "(", "directory", ")", "utils", ".", "mkdir_p", "(", "dirpath", ")", "downloaded_paths", "=", "dict", "(", ")", "if", "nproc", "==", "1", ":", "# No need to parallelize, running ordinary download in loop", "downloaded_paths", "=", "dict", "(", ")", "for", "gsm", "in", "itervalues", "(", "self", ".", "gsms", ")", ":", "logger", ".", "info", "(", "\"Downloading SRA files for %s series\\n\"", "%", "gsm", ".", "name", ")", "paths", "=", "gsm", ".", "download_supplementary_files", "(", "email", "=", "email", ",", "download_sra", "=", "download_sra", ",", "directory", "=", "dirpath", ",", "sra_kwargs", "=", "sra_kwargs", ")", "downloaded_paths", "[", "gsm", ".", "name", "]", "=", "paths", "elif", "nproc", ">", "1", ":", "# Parallelization enabled", "downloaders", "=", "list", "(", ")", "# Collecting params for Pool.map in a loop", "for", "gsm", "in", "itervalues", "(", "self", ".", "gsms", ")", ":", "downloaders", ".", "append", "(", "[", "gsm", ",", "download_sra", ",", "email", ",", "dirpath", ",", "sra_kwargs", "]", ")", "p", "=", "Pool", "(", "nproc", ")", "results", "=", "p", ".", "map", "(", "_supplementary_files_download_worker", ",", "downloaders", ")", "downloaded_paths", "=", "dict", "(", "results", ")", "else", ":", "raise", "ValueError", "(", "\"Nproc should be non-negative: %s\"", "%", "str", "(", "nproc", ")", ")", "return", "downloaded_paths" ]

[ "def", "x509_rsa_load", "(", "txt", ")", ":", "pub_key", "=", "import_rsa_key", "(", "txt", ")", "if", "isinstance", "(", "pub_key", ",", "rsa", ".", "RSAPublicKey", ")", ":", "return", "[", "(", "\"rsa\"", ",", "pub_key", ")", "]" ]

[ "def", "add_feature_values", "(", "self", ",", "features", ")", ":", "if", "not", "'x'", "in", "self", ".", "fieldnames", "(", ")", ":", "raise", "RuntimeError", "(", "\"\"\"add_feature_values expects to find\n (x,y) locations in self.x and self.y. But self.x does not exist\"\"\"", ")", "if", "not", "self", ".", "_categories", ":", "raise", "RuntimeError", "(", "'''\"%s\" does not exist as a fieldname and the\n fixmat does not have a Categories object (no features \n available. The fixmat has these fields: %s'''", "%", "(", "features", ",", "str", "(", "self", ".", "_fields", ")", ")", ")", "for", "feature", "in", "features", ":", "# initialize new field with NaNs", "feat_vals", "=", "np", ".", "zeros", "(", "[", "len", "(", "self", ".", "x", ")", "]", ")", "*", "np", ".", "nan", "for", "(", "cat_mat", ",", "imgs", ")", "in", "self", ".", "by_cat", "(", ")", ":", "for", "img", "in", "np", ".", "unique", "(", "cat_mat", ".", "filenumber", ")", ".", "astype", "(", "int", ")", ":", "fmap", "=", "imgs", "[", "img", "]", "[", "feature", "]", "on_image", "=", "(", "self", ".", "x", ">=", "0", ")", "&", "(", "self", ".", "x", "<=", "self", ".", "image_size", "[", "1", "]", ")", "on_image", "=", "on_image", "&", "(", "self", ".", "y", ">=", "0", ")", "&", "(", "self", ".", "y", "<=", "self", ".", "image_size", "[", "0", "]", ")", "idx", "=", "(", "self", ".", "category", "==", "imgs", ".", "category", ")", "&", "(", "self", ".", "filenumber", "==", "img", ")", "&", "(", "on_image", ".", "astype", "(", "'bool'", ")", ")", "feat_vals", "[", "idx", "]", "=", "fmap", "[", "self", ".", "y", "[", "idx", "]", ".", "astype", "(", "'int'", ")", ",", "self", ".", "x", "[", "idx", "]", ".", "astype", "(", "'int'", ")", "]", "# setattr(self, feature, feat_vals)", "self", ".", "add_field", "(", "feature", ",", "feat_vals", ")" ]

[ "def", "_find_pair", "(", "self", ",", "protocol", ",", "remote_candidate", ")", ":", "for", "pair", "in", "self", ".", "_check_list", ":", "if", "(", "pair", ".", "protocol", "==", "protocol", "and", "pair", ".", "remote_candidate", "==", "remote_candidate", ")", ":", "return", "pair", "return", "None" ]

[ "def", "named_config", "(", "self", ",", "func", ")", ":", "config_scope", "=", "ConfigScope", "(", "func", ")", "self", ".", "_add_named_config", "(", "func", ".", "__name__", ",", "config_scope", ")", "return", "config_scope" ]

[ "def", "get_membership_cache", "(", "self", ",", "group_ids", "=", "None", ",", "is_active", "=", "True", ")", ":", "membership_queryset", "=", "EntityGroupMembership", ".", "objects", ".", "filter", "(", "Q", "(", "entity__isnull", "=", "True", ")", "|", "(", "Q", "(", "entity__isnull", "=", "False", ")", "&", "Q", "(", "entity__is_active", "=", "is_active", ")", ")", ")", "if", "is_active", "is", "None", ":", "membership_queryset", "=", "EntityGroupMembership", ".", "objects", ".", "all", "(", ")", "if", "group_ids", ":", "membership_queryset", "=", "membership_queryset", ".", "filter", "(", "entity_group_id__in", "=", "group_ids", ")", "membership_queryset", "=", "membership_queryset", ".", "values_list", "(", "'entity_group_id'", ",", "'entity_id'", ",", "'sub_entity_kind_id'", ")", "# Iterate over the query results and build the cache dict", "membership_cache", "=", "{", "}", "for", "entity_group_id", ",", "entity_id", ",", "sub_entity_kind_id", "in", "membership_queryset", ":", "membership_cache", ".", "setdefault", "(", "entity_group_id", ",", "[", "]", ")", "membership_cache", "[", "entity_group_id", "]", ".", "append", "(", "[", "entity_id", ",", "sub_entity_kind_id", "]", ")", "return", "membership_cache" ]

[ "def", "demonstrate_colored_logging", "(", ")", ":", "# Determine the available logging levels and order them by numeric value.", "decorated_levels", "=", "[", "]", "defined_levels", "=", "coloredlogs", ".", "find_defined_levels", "(", ")", "normalizer", "=", "coloredlogs", ".", "NameNormalizer", "(", ")", "for", "name", ",", "level", "in", "defined_levels", ".", "items", "(", ")", ":", "if", "name", "!=", "'NOTSET'", ":", "item", "=", "(", "level", ",", "normalizer", ".", "normalize_name", "(", "name", ")", ")", "if", "item", "not", "in", "decorated_levels", ":", "decorated_levels", ".", "append", "(", "item", ")", "ordered_levels", "=", "sorted", "(", "decorated_levels", ")", "# Initialize colored output to the terminal, default to the most", "# verbose logging level but enable the user the customize it.", "coloredlogs", ".", "install", "(", "level", "=", "os", ".", "environ", ".", "get", "(", "'COLOREDLOGS_LOG_LEVEL'", ",", "ordered_levels", "[", "0", "]", "[", "1", "]", ")", ")", "# Print some examples with different timestamps.", "for", "level", ",", "name", "in", "ordered_levels", ":", "log_method", "=", "getattr", "(", "logger", ",", "name", ",", "None", ")", "if", "log_method", ":", "log_method", "(", "\"message with level %s (%i)\"", ",", "name", ",", "level", ")", "time", ".", "sleep", "(", "DEMO_DELAY", ")" ]

[ "def", "_filter_dicts", "(", "self", ")", ":", "keys_to_remove", "=", "set", "(", ")", "for", "ref_name", "in", "self", ".", "report", ":", "for", "ctg_name", "in", "self", ".", "report", "[", "ref_name", "]", ":", "self", ".", "report", "[", "ref_name", "]", "[", "ctg_name", "]", "=", "self", ".", "_filter_list_of_dicts", "(", "self", ".", "report", "[", "ref_name", "]", "[", "ctg_name", "]", ")", "if", "len", "(", "self", ".", "report", "[", "ref_name", "]", "[", "ctg_name", "]", ")", "==", "0", ":", "keys_to_remove", ".", "add", "(", "(", "ref_name", ",", "ctg_name", ")", ")", "refs_to_remove", "=", "set", "(", ")", "for", "ref_name", ",", "ctg_name", "in", "keys_to_remove", ":", "del", "self", ".", "report", "[", "ref_name", "]", "[", "ctg_name", "]", "if", "len", "(", "self", ".", "report", "[", "ref_name", "]", ")", "==", "0", ":", "refs_to_remove", ".", "add", "(", "ref_name", ")", "for", "ref_name", "in", "refs_to_remove", ":", "del", "self", ".", "report", "[", "ref_name", "]" ]

[ "def", "segment_radii", "(", "neurites", ",", "neurite_type", "=", "NeuriteType", ".", "all", ")", ":", "def", "_seg_radii", "(", "sec", ")", ":", "'''vectorized mean radii'''", "pts", "=", "sec", ".", "points", "[", ":", ",", "COLS", ".", "R", "]", "return", "np", ".", "divide", "(", "np", ".", "add", "(", "pts", "[", ":", "-", "1", "]", ",", "pts", "[", "1", ":", "]", ")", ",", "2.0", ")", "return", "map_segments", "(", "_seg_radii", ",", "neurites", ",", "neurite_type", ")" ]

[ "def", "load_cache", "(", ")", ":", "if", "not", "os", ".", "path", ".", "exists", "(", "settings", ".", "DUP_FILTER_FILE", ")", ":", "return", "set", "(", ")", "with", "open", "(", "settings", ".", "DUP_FILTER_FILE", ")", "as", "f", ":", "return", "set", "(", "json", ".", "loads", "(", "f", ".", "read", "(", ")", ")", ")" ]

[ "def", "_clean_xml", "(", "self", ",", "path_to_xml", ")", ":", "try", ":", "if", "os", ".", "path", ".", "isfile", "(", "path_to_xml", ")", ":", "tree", "=", "ET", ".", "parse", "(", "path_to_xml", ")", "root", "=", "tree", ".", "getroot", "(", ")", "else", ":", "root", "=", "ET", ".", "fromstring", "(", "path_to_xml", ")", "except", "Exception", ",", "e", ":", "self", ".", "logger", ".", "error", "(", "\"Could not read OAI XML, aborting filter!\"", ")", "raise", "e", "strip_xml_namespace", "(", "root", ")", "return", "root" ]

[ "def", "create_enum_option", "(", "self", ",", "custom_field", ",", "params", "=", "{", "}", ",", "*", "*", "options", ")", ":", "path", "=", "\"/custom_fields/%s/enum_options\"", "%", "(", "custom_field", ")", "return", "self", ".", "client", ".", "post", "(", "path", ",", "params", ",", "*", "*", "options", ")" ]

[ "def", "dmol_neg_log_perplexity", "(", "predictions", ",", "labels", ",", "weights_fn", "=", "None", ")", ":", "del", "weights_fn", "# Unused", "num", ",", "den", "=", "common_layers", ".", "dml_loss", "(", "predictions", ",", "labels", ",", "reduce_sum", "=", "False", ")", "return", "(", "-", "num", ",", "den", ")" ]

[ "def", "listDatasetArray", "(", "self", ")", ":", "ret", "=", "[", "]", "try", ":", "body", "=", "request", ".", "body", ".", "read", "(", ")", "if", "body", ":", "data", "=", "cjson", ".", "decode", "(", "body", ")", "data", "=", "validateJSONInputNoCopy", "(", "\"dataset\"", ",", "data", ",", "read", "=", "True", ")", "#Because CMSWEB has a 300 seconds responding time. We have to limit the array siz to make sure that", "#the API can be finished in 300 second. ", "# YG Nov-05-2015", "max_array_size", "=", "1000", "if", "(", "'dataset'", "in", "data", ".", "keys", "(", ")", "and", "isinstance", "(", "data", "[", "'dataset'", "]", ",", "list", ")", "and", "len", "(", "data", "[", "'dataset'", "]", ")", ">", "max_array_size", ")", "or", "(", "'dataset_id'", "in", "data", ".", "keys", "(", ")", "and", "isinstance", "(", "data", "[", "'dataset_id'", "]", ",", "list", ")", "and", "len", "(", "data", "[", "'dataset_id'", "]", ")", ">", "max_array_size", ")", ":", "dbsExceptionHandler", "(", "\"dbsException-invalid-input\"", ",", "\"The Max list length supported in listDatasetArray is %s.\"", "%", "max_array_size", ",", "self", ".", "logger", ".", "exception", ")", "ret", "=", "self", ".", "dbsDataset", ".", "listDatasetArray", "(", "data", ")", "except", "cjson", ".", "DecodeError", "as", "De", ":", "dbsExceptionHandler", "(", "'dbsException-invalid-input2'", ",", "\"Invalid input\"", ",", "self", ".", "logger", ".", "exception", ",", "str", "(", "De", ")", ")", "except", "dbsException", "as", "de", ":", "dbsExceptionHandler", "(", "de", ".", "eCode", ",", "de", ".", "message", ",", "self", ".", "logger", ".", "exception", ",", "de", ".", "serverError", ")", "except", "HTTPError", "as", "he", ":", "raise", "he", "except", "Exception", "as", "ex", ":", "sError", "=", "\"DBSReaderModel/listDatasetArray. %s \\n Exception trace: \\n %s\"", "%", "(", "ex", ",", "traceback", ".", "format_exc", "(", ")", ")", "dbsExceptionHandler", "(", "'dbsException-server-error'", ",", "dbsExceptionCode", "[", "'dbsException-server-error'", "]", ",", "self", ".", "logger", ".", "exception", ",", "sError", ")", "for", "item", "in", "ret", ":", "yield", "item" ]

[ "def", "validate_crc", "(", "msg", ")", ":", "if", "not", "struct", ".", "unpack", "(", "'<H'", ",", "get_crc", "(", "msg", "[", ":", "-", "2", "]", ")", ")", "==", "struct", ".", "unpack", "(", "'<H'", ",", "msg", "[", "-", "2", ":", "]", ")", ":", "raise", "CRCError", "(", "'CRC validation failed.'", ")" ]

[ "def", "generate_colours", "(", "n", ")", ":", "colours", "=", "[", "]", "golden_ratio_conjugate", "=", "0.618033988749895", "h", "=", "0.8", "# Initial hue", "s", "=", "0.7", "# Fixed saturation", "v", "=", "0.95", "# Fixed value", "for", "i", "in", "range", "(", "n", ")", ":", "h", "+=", "golden_ratio_conjugate", "h", "%=", "1", "colours", ".", "append", "(", "hsv_to_rgb", "(", "h", ",", "s", ",", "v", ")", ")", "return", "colours" ]

[ "def", "_find_classes_param", "(", "self", ")", ":", "for", "attr", "in", "[", "\"classes_\"", "]", ":", "try", ":", "return", "getattr", "(", "self", ".", "estimator", ",", "attr", ")", "except", "AttributeError", ":", "continue", "raise", "YellowbrickTypeError", "(", "\"could not find classes_ param on {}\"", ".", "format", "(", "self", ".", "estimator", ".", "__class__", ".", "__name__", ")", ")" ]

[ "def", "addnot", "(", "self", ",", "action", "=", "None", ",", "subject", "=", "None", ",", "*", "*", "conditions", ")", ":", "self", ".", "add_rule", "(", "Rule", "(", "False", ",", "action", ",", "subject", ",", "*", "*", "conditions", ")", ")" ]

[ "def", "main", "(", "unused_argv", ")", ":", "if", "FLAGS", ".", "use_tpu", ":", "dual_net", ".", "freeze_graph_tpu", "(", "FLAGS", ".", "model_path", ")", "else", ":", "dual_net", ".", "freeze_graph", "(", "FLAGS", ".", "model_path", ")" ]

[ "def", "loadWallet", "(", "self", ",", "fpath", ")", ":", "if", "not", "fpath", ":", "raise", "ValueError", "(", "\"empty path\"", ")", "_fpath", "=", "self", ".", "_normalize", "(", "fpath", ")", "_dpath", "=", "_fpath", ".", "parent", "try", ":", "_dpath", ".", "relative_to", "(", "self", ".", "_baseDir", ")", "except", "ValueError", ":", "raise", "ValueError", "(", "\"path {} is not is not relative to the wallets {}\"", ".", "format", "(", "fpath", ",", "self", ".", "_baseDir", ")", ")", "with", "_fpath", ".", "open", "(", ")", "as", "wf", ":", "wallet", "=", "self", ".", "decode", "(", "wf", ".", "read", "(", ")", ")", "return", "wallet" ]

[ "def", "retry_connect", "(", "self", ")", ":", "with", "self", ".", "lock", ":", "if", "self", ".", "_funds_remaining", ">", "0", "and", "not", "self", ".", "_leaving_state", ":", "self", ".", "_open_channels", "(", ")" ]

[ "def", "get_loco_name", "(", "self", ")", ":", "ret_str", "=", "self", ".", "dll", ".", "GetLocoName", "(", ")", ".", "decode", "(", ")", "if", "not", "ret_str", ":", "return", "return", "ret_str", ".", "split", "(", "'.:.'", ")" ]

[ "def", "check_cmake_exists", "(", "cmake_command", ")", ":", "from", "subprocess", "import", "Popen", ",", "PIPE", "p", "=", "Popen", "(", "'{0} --version'", ".", "format", "(", "cmake_command", ")", ",", "shell", "=", "True", ",", "stdin", "=", "PIPE", ",", "stdout", "=", "PIPE", ")", "if", "not", "(", "'cmake version'", "in", "p", ".", "communicate", "(", ")", "[", "0", "]", ".", "decode", "(", "'UTF-8'", ")", ")", ":", "sys", ".", "stderr", ".", "write", "(", "' This code is built using CMake\\n\\n'", ")", "sys", ".", "stderr", ".", "write", "(", "' CMake is not found\\n'", ")", "sys", ".", "stderr", ".", "write", "(", "' get CMake at http://www.cmake.org/\\n'", ")", "sys", ".", "stderr", ".", "write", "(", "' on many clusters CMake is installed\\n'", ")", "sys", ".", "stderr", ".", "write", "(", "' but you have to load it first:\\n'", ")", "sys", ".", "stderr", ".", "write", "(", "' $ module load cmake\\n'", ")", "sys", ".", "exit", "(", "1", ")" ]

[ "def", "update_fmt_with_notebook_options", "(", "self", ",", "metadata", ")", ":", "# format options in notebook have precedence over that in fmt", "for", "opt", "in", "_VALID_FORMAT_OPTIONS", ":", "if", "opt", "in", "metadata", ".", "get", "(", "'jupytext'", ",", "{", "}", ")", ":", "self", ".", "fmt", ".", "setdefault", "(", "opt", ",", "metadata", "[", "'jupytext'", "]", "[", "opt", "]", ")", "if", "opt", "in", "self", ".", "fmt", ":", "metadata", ".", "setdefault", "(", "'jupytext'", ",", "{", "}", ")", ".", "setdefault", "(", "opt", ",", "self", ".", "fmt", "[", "opt", "]", ")", "# rST to md conversion should happen only once", "if", "metadata", ".", "get", "(", "'jupytext'", ",", "{", "}", ")", ".", "get", "(", "'rst2md'", ")", "is", "True", ":", "metadata", "[", "'jupytext'", "]", "[", "'rst2md'", "]", "=", "False" ]

[ "def", "_decode_agents_data", "(", "self", ",", "block", ")", ":", "collect", "=", "[", "]", "if", "block", ":", "for", "chunk", "in", "block", ".", "split", "(", "'\\n'", ")", ":", "try", ":", "if", "chunk", ":", "prepared_results", "=", "{", "}", "jsn", "=", "json", ".", "loads", "(", "chunk", ")", "for", "ts", ",", "values", "in", "jsn", ".", "iteritems", "(", ")", ":", "for", "key", ",", "value", "in", "values", ".", "iteritems", "(", ")", ":", "# key sample: diskio-sda1_io_time", "# key_group sample: diskio", "# key_name sample: io_time", "try", ":", "key_group", ",", "key_name", "=", "key", ".", "split", "(", "'_'", ")", "[", "0", "]", ".", "split", "(", "'-'", ")", "[", "0", "]", ",", "'_'", ".", "join", "(", "key", ".", "split", "(", "'_'", ")", "[", "1", ":", "]", ")", "except", ":", "# noqa: E722", "key_group", ",", "key_name", "=", "key", ".", "split", "(", "'_'", ")", "[", "0", "]", ",", "'_'", ".", "join", "(", "key", ".", "split", "(", "'_'", ")", "[", "1", ":", "]", ")", "if", "key_group", "in", "decoder", ".", "diff_metrics", ".", "keys", "(", ")", ":", "if", "key_name", "in", "decoder", ".", "diff_metrics", "[", "key_group", "]", ":", "decoded_key", "=", "decoder", ".", "find_common_names", "(", "key", ")", "if", "self", ".", "prev_check", ":", "try", ":", "value", "=", "jsn", "[", "ts", "]", "[", "key", "]", "-", "self", ".", "prev_check", "[", "key", "]", "except", "KeyError", ":", "logger", ".", "debug", "(", "'There is no diff value for metric %s.\\n'", "'Timestamp: %s. Is it initial data?'", ",", "key", ",", "ts", ",", "exc_info", "=", "True", ")", "value", "=", "0", "prepared_results", "[", "decoded_key", "]", "=", "value", "else", ":", "decoded_key", "=", "decoder", ".", "find_common_names", "(", "key", ")", "prepared_results", "[", "decoded_key", "]", "=", "value", "else", ":", "decoded_key", "=", "decoder", ".", "find_common_names", "(", "key", ")", "prepared_results", "[", "decoded_key", "]", "=", "value", "self", ".", "prev_check", "=", "jsn", "[", "ts", "]", "collect", ".", "append", "(", "(", "ts", ",", "prepared_results", ")", ")", "except", "ValueError", ":", "logger", ".", "error", "(", "'Telegraf agent send trash to output: %s'", ",", "chunk", ")", "logger", ".", "debug", "(", "'Telegraf agent data block w/ trash: %s'", ",", "exc_info", "=", "True", ")", "return", "[", "]", "except", "BaseException", ":", "logger", ".", "error", "(", "'Exception trying to parse agent data: %s'", ",", "chunk", ",", "exc_info", "=", "True", ")", "return", "[", "]", "if", "collect", ":", "return", "collect" ]

[ "def", "_check_input_directory_listing", "(", "base_directory", ",", "listing", ")", ":", "for", "sub", "in", "listing", ":", "path", "=", "os", ".", "path", ".", "join", "(", "base_directory", ",", "sub", "[", "'basename'", "]", ")", "if", "sub", "[", "'class'", "]", "==", "'File'", ":", "if", "not", "os", ".", "path", ".", "isfile", "(", "path", ")", ":", "raise", "DirectoryError", "(", "'File \\'{}\\' not found but specified in listing.'", ".", "format", "(", "path", ")", ")", "if", "sub", "[", "'class'", "]", "==", "'Directory'", ":", "if", "not", "os", ".", "path", ".", "isdir", "(", "path", ")", ":", "raise", "DirectoryError", "(", "'Directory \\'{}\\' not found but specified in listing'", ".", "format", "(", "path", ")", ")", "sub_listing", "=", "sub", ".", "get", "(", "'listing'", ")", "if", "sub_listing", ":", "_check_input_directory_listing", "(", "path", ",", "sub_listing", ")" ]

[ "def", "set_ownership", "(", "self", ")", ":", "assert", "self", ".", "section", "is", "not", "None", "for", "t", "in", "self", ".", "children", ":", "t", ".", "parent", "=", "self", "t", ".", "_section", "=", "self", ".", "section", "t", ".", "doc", "=", "self", ".", "doc", "t", ".", "set_ownership", "(", ")" ]

[ "def", "extend_extents", "(", "extents", ",", "factor", "=", "1.1", ")", ":", "width", "=", "extents", "[", "2", "]", "-", "extents", "[", "0", "]", "height", "=", "extents", "[", "3", "]", "-", "extents", "[", "1", "]", "add_width", "=", "(", "factor", "-", "1", ")", "*", "width", "add_height", "=", "(", "factor", "-", "1", ")", "*", "height", "x1", "=", "extents", "[", "0", "]", "-", "add_width", "/", "2", "x2", "=", "extents", "[", "2", "]", "+", "add_width", "/", "2", "y1", "=", "extents", "[", "1", "]", "-", "add_height", "/", "2", "y2", "=", "extents", "[", "3", "]", "+", "add_height", "/", "2", "return", "x1", ",", "y1", ",", "x2", ",", "y2" ]

[ "def", "csv_to_map", "(", "fields", ",", "delimiter", "=", "','", ")", ":", "def", "_csv_to_list", "(", "csv_input", ")", ":", "\"\"\"\n Util function to overcome the use of files by in-memory io buffer\n\n :param csv_input:\n :return:\n \"\"\"", "io_file", "=", "io", ".", "StringIO", "(", "csv_input", ")", "return", "next", "(", "csv", ".", "reader", "(", "io_file", ",", "delimiter", "=", "delimiter", ")", ")", "def", "_app", "(", "current_tuple", ",", "e", "=", "None", ")", ":", "if", "current_tuple", "is", "None", "or", "len", "(", "current_tuple", ")", "==", "0", ":", "return", "None", ",", "\"no input\"", "csv_list", "=", "_csv_to_list", "(", "current_tuple", ")", "if", "len", "(", "csv_list", ")", "!=", "len", "(", "fields", ")", ":", "e", "=", "{", "\"input\"", ":", "\"unexpected number of fields {} obtained {} expected\"", ".", "format", "(", "len", "(", "csv_list", ")", ",", "len", "(", "fields", ")", ")", "}", "return", "None", ",", "e", "return", "{", "k", ":", "v", "for", "(", "k", ",", "v", ")", "in", "zip", "(", "fields", ",", "csv_list", ")", "}", ",", "e", "if", "fields", "is", "None", "or", "len", "(", "fields", ")", "==", "0", ":", "return", "fixed_input", "(", "None", ",", "\"no fields provided, cannot proceed without order\"", ")", "return", "_app" ]

[ "def", "on_change_plot_cursor", "(", "self", ",", "event", ")", ":", "if", "not", "self", ".", "xdata", "or", "not", "self", ".", "ydata", ":", "return", "pos", "=", "event", ".", "GetPosition", "(", ")", "width", ",", "height", "=", "self", ".", "canvas", ".", "get_width_height", "(", ")", "pos", "[", "1", "]", "=", "height", "-", "pos", "[", "1", "]", "xpick_data", ",", "ypick_data", "=", "pos", "xdata_org", "=", "self", ".", "xdata", "ydata_org", "=", "self", ".", "ydata", "data_corrected", "=", "self", ".", "map", ".", "transData", ".", "transform", "(", "vstack", "(", "[", "xdata_org", ",", "ydata_org", "]", ")", ".", "T", ")", "xdata", ",", "ydata", "=", "data_corrected", ".", "T", "xdata", "=", "list", "(", "map", "(", "float", ",", "xdata", ")", ")", "ydata", "=", "list", "(", "map", "(", "float", ",", "ydata", ")", ")", "e", "=", "4e0", "if", "self", ".", "plot_setting", "==", "\"Zoom\"", ":", "self", ".", "canvas", ".", "SetCursor", "(", "wx", ".", "Cursor", "(", "wx", ".", "CURSOR_CROSS", ")", ")", "else", ":", "self", ".", "canvas", ".", "SetCursor", "(", "wx", ".", "Cursor", "(", "wx", ".", "CURSOR_ARROW", ")", ")", "for", "i", ",", "(", "x", ",", "y", ")", "in", "enumerate", "(", "zip", "(", "xdata", ",", "ydata", ")", ")", ":", "if", "0", "<", "sqrt", "(", "(", "x", "-", "xpick_data", ")", "**", "2.", "+", "(", "y", "-", "ypick_data", ")", "**", "2.", ")", "<", "e", ":", "self", ".", "canvas", ".", "SetCursor", "(", "wx", ".", "Cursor", "(", "wx", ".", "CURSOR_HAND", ")", ")", "break", "event", ".", "Skip", "(", ")" ]

[ "def", "get_relationship_search_session", "(", "self", ",", "proxy", "=", "None", ")", ":", "if", "not", "self", ".", "supports_relationship_search", "(", ")", ":", "raise", "Unimplemented", "(", ")", "try", ":", "from", ".", "import", "sessions", "except", "ImportError", ":", "raise", "OperationFailed", "(", ")", "proxy", "=", "self", ".", "_convert_proxy", "(", "proxy", ")", "try", ":", "session", "=", "sessions", ".", "RelationshipSearchSession", "(", "proxy", "=", "proxy", ",", "runtime", "=", "self", ".", "_runtime", ")", "except", "AttributeError", ":", "raise", "OperationFailed", "(", ")", "return", "session" ]

[ "def", "old_streamer", "(", "main_method", ")", ":", "if", "not", "arguments", ":", "return", "[", "sys", ".", "stdin", "]", "elif", "arguments", "[", "0", "]", "==", "'-c'", ":", "return", "[", "StringIO", "(", "get_clipboard_data", "(", ")", ")", "]", "for", "argument", "in", "arguments", ":", "if", "os", ".", "path", ".", "isfile", "(", "argument", ")", ":", "return", "file", "(", "argument", ",", "'r'", ")", "return", "method" ]

[ "def", "fetch", "(", "self", ",", "tickers", ",", "fields", "=", "None", ",", "date", "=", "None", ",", "date_from", "=", "None", ",", "date_to", "=", "None", ",", "freq", "=", "'D'", ",", "only_data", "=", "True", ",", "static", "=", "False", ")", ":", "if", "static", ":", "query", "=", "self", ".", "construct_request", "(", "tickers", ",", "fields", ",", "date", ",", "freq", "=", "'REP'", ")", "else", ":", "query", "=", "self", ".", "construct_request", "(", "tickers", ",", "fields", ",", "date", ",", "date_from", ",", "date_to", ",", "freq", ")", "raw", "=", "self", ".", "request", "(", "query", ")", "if", "static", ":", "data", ",", "metadata", "=", "self", ".", "parse_record_static", "(", "raw", ")", "elif", "isinstance", "(", "tickers", ",", "basestring", ")", "or", "len", "(", "tickers", ")", "==", "1", ":", "data", ",", "metadata", "=", "self", ".", "parse_record", "(", "raw", ")", "elif", "hasattr", "(", "tickers", ",", "'__len__'", ")", ":", "metadata", "=", "pd", ".", "DataFrame", "(", ")", "data", "=", "{", "}", "for", "indx", "in", "range", "(", "len", "(", "tickers", ")", ")", ":", "dat", ",", "meta", "=", "self", ".", "parse_record", "(", "raw", ",", "indx", ")", "data", "[", "tickers", "[", "indx", "]", "]", "=", "dat", "metadata", "=", "metadata", ".", "append", "(", "meta", ",", "ignore_index", "=", "False", ")", "data", "=", "pd", ".", "concat", "(", "data", ")", "else", ":", "raise", "DatastreamException", "(", "(", "'First argument should be either ticker or '", "'list of tickers'", ")", ")", "if", "only_data", ":", "return", "data", "else", ":", "return", "data", ",", "metadata" ]

[ "def", "storage", "(", "self", ",", "sf", "=", "None", ",", "args", "=", "None", ")", ":", "from", ".", "utils", "import", "BaseStorage", ",", "LocalStorage", ",", "RedisStorage", "if", "sf", "and", "isinstance", "(", "sf", ",", "BaseStorage", ")", ":", "return", "sf", "(", "args", ")", "if", "args", "else", "sf", "(", ")", "if", "self", ".", "s3", "==", "\"local\"", ":", "return", "LocalStorage", "(", ")", "elif", "self", ".", "s3", "==", "\"redis\"", ":", "return", "RedisStorage", "(", "self", ".", "s3_redis", ")" ]

[ "def", "get_dict_for_class", "(", "self", ",", "class_name", ",", "state", "=", "None", ",", "base_name", "=", "'View'", ")", ":", "classes", "=", "[", "]", "klass", "=", "class_name", "while", "True", ":", "classes", ".", "append", "(", "klass", ")", "if", "klass", ".", "__name__", "==", "base_name", ":", "break", "klass", "=", "klass", ".", "__bases__", "[", "0", "]", "if", "state", "is", "None", ":", "state", "=", "'normal'", "style", "=", "{", "}", "for", "klass", "in", "classes", ":", "class_name", "=", "klass", ".", "__name__", "try", ":", "state_styles", "=", "self", ".", "_styles", "[", "class_name", "]", "[", "state", "]", "except", "KeyError", ":", "state_styles", "=", "{", "}", "if", "state", "!=", "'normal'", ":", "try", ":", "normal_styles", "=", "self", ".", "_styles", "[", "class_name", "]", "[", "'normal'", "]", "except", "KeyError", ":", "normal_styles", "=", "{", "}", "state_styles", "=", "dict", "(", "chain", "(", "normal_styles", ".", "iteritems", "(", ")", ",", "state_styles", ".", "iteritems", "(", ")", ")", ")", "style", "=", "dict", "(", "chain", "(", "state_styles", ".", "iteritems", "(", ")", ",", "style", ".", "iteritems", "(", ")", ")", ")", "return", "style" ]

[ "def", "exists", "(", "path", ",", "*", "*", "kwargs", ")", ":", "import", "os", ".", "path", "return", "os", ".", "path", ".", "exists", "(", "path", ",", "*", "*", "kwargs", ")" ]

[ "def", "_env_is_exposed", "(", "env", ")", ":", "if", "__opts__", "[", "'svnfs_env_whitelist'", "]", ":", "salt", ".", "utils", ".", "versions", ".", "warn_until", "(", "'Neon'", ",", "'The svnfs_env_whitelist config option has been renamed to '", "'svnfs_saltenv_whitelist. Please update your configuration.'", ")", "whitelist", "=", "__opts__", "[", "'svnfs_env_whitelist'", "]", "else", ":", "whitelist", "=", "__opts__", "[", "'svnfs_saltenv_whitelist'", "]", "if", "__opts__", "[", "'svnfs_env_blacklist'", "]", ":", "salt", ".", "utils", ".", "versions", ".", "warn_until", "(", "'Neon'", ",", "'The svnfs_env_blacklist config option has been renamed to '", "'svnfs_saltenv_blacklist. Please update your configuration.'", ")", "blacklist", "=", "__opts__", "[", "'svnfs_env_blacklist'", "]", "else", ":", "blacklist", "=", "__opts__", "[", "'svnfs_saltenv_blacklist'", "]", "return", "salt", ".", "utils", ".", "stringutils", ".", "check_whitelist_blacklist", "(", "env", ",", "whitelist", "=", "whitelist", ",", "blacklist", "=", "blacklist", ",", ")" ]

[ "def", "finish", "(", "self", ")", ":", "super", "(", "InterruptibleMixin", ",", "self", ")", ".", "finish", "(", ")", "signal", "(", "SIGINT", ",", "self", ".", "original_handler", ")" ]

[ "def", "type_object_attrgetter", "(", "obj", ",", "attr", ",", "*", "defargs", ")", ":", "for", "base", "in", "obj", ".", "__mro__", ":", "if", "attr", "in", "base", ".", "__dict__", ":", "if", "isinstance", "(", "base", ".", "__dict__", "[", "attr", "]", ",", "property", ")", ":", "# Note, this should only be used for properties--for any other", "# type of descriptor (classmethod, for example) this can mess", "# up existing expectations of what getattr(cls, ...) returns", "return", "base", ".", "__dict__", "[", "attr", "]", "break", "return", "getattr", "(", "obj", ",", "attr", ",", "*", "defargs", ")" ]

[ "def", "doubleMouseButtonLeftWithMods", "(", "self", ",", "coord", ",", "modifiers", ")", ":", "modFlags", "=", "self", ".", "_pressModifiers", "(", "modifiers", ")", "self", ".", "_queueMouseButton", "(", "coord", ",", "Quartz", ".", "kCGMouseButtonLeft", ",", "modFlags", ")", "self", ".", "_queueMouseButton", "(", "coord", ",", "Quartz", ".", "kCGMouseButtonLeft", ",", "modFlags", ",", "clickCount", "=", "2", ")", "self", ".", "_releaseModifiers", "(", "modifiers", ")", "self", ".", "_postQueuedEvents", "(", ")" ]

[ "def", "collate_data", "(", "in_dir", ",", "extension", "=", "'.csv'", ",", "out_dir", "=", "None", ")", ":", "if", "out_dir", "is", "None", ":", "out_dir", "=", "'./'", "+", "re", ".", "search", "(", "'^\\.(.*)'", ",", "extension", ")", ".", "groups", "(", "0", ")", "[", "0", "]", "if", "not", "os", ".", "path", ".", "isdir", "(", "out_dir", ")", ":", "os", ".", "mkdir", "(", "out_dir", ")", "for", "p", ",", "d", ",", "fs", "in", "os", ".", "walk", "(", "in_dir", ")", ":", "for", "f", "in", "fs", ":", "if", "extension", "in", "f", ":", "shutil", ".", "copy", "(", "p", "+", "'/'", "+", "f", ",", "out_dir", "+", "'/'", "+", "f", ")", "return" ]

[ "def", "setContentLen", "(", "self", ",", "content", ",", "len", ")", ":", "libxml2mod", ".", "xmlNodeSetContentLen", "(", "self", ".", "_o", ",", "content", ",", "len", ")" ]

[ "def", "_serialize", "(", "self", ",", "array_parent", ",", "# type: ET.Element", "value", ",", "# type: List", "state", "# type: _ProcessorState", ")", ":", "# type: (...) -> None", "if", "not", "value", ":", "# Nothing to do. Avoid attempting to iterate over a possibly", "# None value.", "return", "for", "i", ",", "item_value", "in", "enumerate", "(", "value", ")", ":", "state", ".", "push_location", "(", "self", ".", "_item_processor", ".", "element_path", ",", "i", ")", "item_element", "=", "self", ".", "_item_processor", ".", "serialize", "(", "item_value", ",", "state", ")", "array_parent", ".", "append", "(", "item_element", ")", "state", ".", "pop_location", "(", ")" ]

[ "def", "statement_prep", "(", "link", ")", ":", "from", "rdflib", "import", "URIRef", ",", "Literal", "from", "rdflib", "import", "BNode", "s", ",", "p", ",", "o", "=", "link", "[", ":", "3", "]", "if", "not", "isinstance", "(", "s", ",", "BNode", ")", ":", "s", "=", "URIRef", "(", "s", ")", "p", "=", "URIRef", "(", "p", ")", "if", "not", "isinstance", "(", "o", ",", "BNode", ")", ":", "o", "=", "URIRef", "(", "o", ")", "if", "isinstance", "(", "o", ",", "I", ")", "else", "Literal", "(", "o", ")", "return", "s", ",", "p", ",", "o" ]

[ "def", "_get_all", "(", "self", ",", "*", "args", ",", "*", "*", "kwargs", ")", ":", "headers", "=", "kwargs", ".", "get", "(", "'headers'", ",", "args", "[", "2", "]", "if", "len", "(", "args", ")", ">", "2", "else", "None", ")", "or", "dict", "(", ")", "if", "'force'", "in", "headers", ":", "keys", "=", "super", "(", "Bucket", ",", "self", ")", ".", "_get_all", "(", "*", "args", ",", "*", "*", "kwargs", ")", "for", "key", "in", "keys", ":", "mimicdb", ".", "backend", ".", "sadd", "(", "tpl", ".", "bucket", "%", "self", ".", "name", ",", "key", ".", "name", ")", "mimicdb", ".", "backend", ".", "hmset", "(", "tpl", ".", "key", "%", "(", "self", ".", "name", ",", "key", ".", "name", ")", ",", "dict", "(", "size", "=", "key", ".", "size", ",", "md5", "=", "key", ".", "etag", ".", "strip", "(", "'\"'", ")", ")", ")", "key", ".", "name", "=", "key", ".", "name", "return", "keys", "prefix", "=", "kwargs", ".", "get", "(", "'prefix'", ",", "''", ")", "return", "list", "(", "self", ".", "list", "(", "prefix", "=", "prefix", ")", ")" ]

[ "def", "build_additional_match", "(", "self", ",", "ident", ",", "node_set", ")", ":", "source_ident", "=", "ident", "for", "key", ",", "value", "in", "node_set", ".", "must_match", ".", "items", "(", ")", ":", "if", "isinstance", "(", "value", ",", "dict", ")", ":", "label", "=", "':'", "+", "value", "[", "'node_class'", "]", ".", "__label__", "stmt", "=", "_rel_helper", "(", "lhs", "=", "source_ident", ",", "rhs", "=", "label", ",", "ident", "=", "''", ",", "*", "*", "value", ")", "self", ".", "_ast", "[", "'where'", "]", ".", "append", "(", "stmt", ")", "else", ":", "raise", "ValueError", "(", "\"Expecting dict got: \"", "+", "repr", "(", "value", ")", ")", "for", "key", ",", "val", "in", "node_set", ".", "dont_match", ".", "items", "(", ")", ":", "if", "isinstance", "(", "val", ",", "dict", ")", ":", "label", "=", "':'", "+", "val", "[", "'node_class'", "]", ".", "__label__", "stmt", "=", "_rel_helper", "(", "lhs", "=", "source_ident", ",", "rhs", "=", "label", ",", "ident", "=", "''", ",", "*", "*", "val", ")", "self", ".", "_ast", "[", "'where'", "]", ".", "append", "(", "'NOT '", "+", "stmt", ")", "else", ":", "raise", "ValueError", "(", "\"Expecting dict got: \"", "+", "repr", "(", "val", ")", ")" ]

[ "def", "_insert_data", "(", "con", ",", "data", ")", ":", "with", "con", ":", "cur", "=", "con", ".", "cursor", "(", ")", "cur", ".", "execute", "(", "\"DROP TABLE IF EXISTS clusters;\"", ")", "cur", ".", "execute", "(", "\"CREATE TABLE clusters(Id INT, Description TEXT, Locus TEXT, Annotation TEXT, Sequences TEXT, Profile TXT, Precursor TXT)\"", ")", "for", "c", "in", "data", "[", "0", "]", ":", "locus", "=", "json", ".", "dumps", "(", "data", "[", "0", "]", "[", "c", "]", "[", "'loci'", "]", ")", "annotation", "=", "json", ".", "dumps", "(", "data", "[", "0", "]", "[", "c", "]", "[", "'ann'", "]", ")", "description", "=", "_get_description", "(", "data", "[", "0", "]", "[", "c", "]", "[", "'ann'", "]", ")", "sequences", "=", "json", ".", "dumps", "(", "_get_sequences", "(", "data", "[", "0", "]", "[", "c", "]", ")", ")", "keys", "=", "data", "[", "0", "]", "[", "c", "]", "[", "'freq'", "]", "[", "0", "]", ".", "values", "(", ")", "[", "0", "]", ".", "keys", "(", ")", "profile", "=", "\"Not available.\"", "if", "'profile'", "in", "data", "[", "0", "]", "[", "c", "]", ":", "profile", "=", "json", ".", "dumps", "(", "_set_format", "(", "data", "[", "0", "]", "[", "c", "]", "[", "'profile'", "]", ")", ")", "precursor", "=", "json", ".", "dumps", "(", "data", "[", "0", "]", "[", "c", "]", ".", "get", "(", "'precursor'", ")", ")", "cur", ".", "execute", "(", "\"INSERT INTO clusters VALUES(%s, '%s', '%s', '%s', '%s', '%s', '%s')\"", "%", "(", "c", ",", "description", ",", "locus", ",", "annotation", ",", "sequences", ",", "profile", ",", "precursor", ")", ")" ]

[ "def", "cns_vwl_pstr_long", "(", "self", ")", ":", "return", "IPAString", "(", "ipa_chars", "=", "[", "c", "for", "c", "in", "self", ".", "ipa_chars", "if", "(", "c", ".", "is_letter", ")", "or", "(", "c", ".", "is_suprasegmental", "and", "(", "c", ".", "is_primary_stress", "or", "c", ".", "is_long", ")", ")", "]", ")" ]

[ "def", "file_find", "(", "self", ",", "load", ")", ":", "path", "=", "load", ".", "get", "(", "'path'", ")", "if", "not", "path", ":", "return", "{", "'path'", ":", "''", ",", "'rel'", ":", "''", "}", "tgt_env", "=", "load", ".", "get", "(", "'saltenv'", ",", "'base'", ")", "return", "self", ".", "find_file", "(", "path", ",", "tgt_env", ")" ]

[ "def", "add", "(", "config", ",", "username", ",", "filename", ")", ":", "try", ":", "client", "=", "Client", "(", ")", "client", ".", "prepare_connection", "(", ")", "user_api", "=", "UserApi", "(", "client", ")", "key_api", "=", "API", "(", "client", ")", "key_api", ".", "add", "(", "username", ",", "user_api", ",", "filename", ")", "except", "(", "ldap3", ".", "core", ".", "exceptions", ".", "LDAPNoSuchAttributeResult", ",", "ldap_tools", ".", "exceptions", ".", "InvalidResult", ",", "ldap3", ".", "core", ".", "exceptions", ".", "LDAPAttributeOrValueExistsResult", ")", "as", "err", ":", "# pragma: no cover", "print", "(", "'{}: {}'", ".", "format", "(", "type", "(", "err", ")", ",", "err", ".", "args", "[", "0", "]", ")", ")", "except", "Exception", "as", "err", ":", "# pragma: no cover", "raise", "err", "from", "None" ]

[ "def", "delete_operation", "(", "self", ",", "name", ",", "options", "=", "None", ")", ":", "# Create the request object.", "request", "=", "operations_pb2", ".", "DeleteOperationRequest", "(", "name", "=", "name", ")", "self", ".", "_delete_operation", "(", "request", ",", "options", ")" ]

[ "def", "_bfd_rx", "(", "self", ",", "*", "*", "kwargs", ")", ":", "int_type", "=", "kwargs", "[", "'int_type'", "]", "method_name", "=", "'interface_%s_bfd_interval_min_rx'", "%", "int_type", "bfd_rx", "=", "getattr", "(", "self", ".", "_interface", ",", "method_name", ")", "config", "=", "bfd_rx", "(", "*", "*", "kwargs", ")", "if", "kwargs", "[", "'delete'", "]", ":", "tag", "=", "'min-rx'", "config", ".", "find", "(", "'.//*%s'", "%", "tag", ")", ".", "set", "(", "'operation'", ",", "'delete'", ")", "pass", "return", "config" ]

[ "def", "_get_meta", "(", "model", ")", ":", "if", "isinstance", "(", "model", ",", "Model", ")", ":", "w", "=", "model", ".", "meta", "else", ":", "w", "=", "model", "# Already metadata", "return", "w" ]

[ "def", "_maybe_validate_distributions", "(", "distributions", ",", "dtype_override", ",", "validate_args", ")", ":", "assertions", "=", "[", "]", "if", "not", "_is_iterable", "(", "distributions", ")", "or", "not", "distributions", ":", "raise", "ValueError", "(", "'`distributions` must be a list of one or more '", "'distributions.'", ")", "if", "dtype_override", "is", "None", ":", "dts", "=", "[", "dtype_util", ".", "base_dtype", "(", "d", ".", "dtype", ")", "for", "d", "in", "distributions", "if", "d", ".", "dtype", "is", "not", "None", "]", "if", "dts", "[", "1", ":", "]", "!=", "dts", "[", ":", "-", "1", "]", ":", "raise", "TypeError", "(", "'Distributions must have same dtype; found: {}.'", ".", "format", "(", "set", "(", "dtype_util", ".", "name", "(", "dt", ")", "for", "dt", "in", "dts", ")", ")", ")", "# Validate event_ndims.", "for", "d", "in", "distributions", ":", "if", "tensorshape_util", ".", "rank", "(", "d", ".", "event_shape", ")", "is", "not", "None", ":", "if", "tensorshape_util", ".", "rank", "(", "d", ".", "event_shape", ")", "!=", "1", ":", "raise", "ValueError", "(", "'`Distribution` must be vector variate, '", "'found event nimds: {}.'", ".", "format", "(", "tensorshape_util", ".", "rank", "(", "d", ".", "event_shape", ")", ")", ")", "elif", "validate_args", ":", "assertions", ".", "append", "(", "assert_util", ".", "assert_equal", "(", "1", ",", "tf", ".", "size", "(", "input", "=", "d", ".", "event_shape_tensor", "(", ")", ")", ",", "message", "=", "'`Distribution` must be vector variate.'", ")", ")", "batch_shapes", "=", "[", "d", ".", "batch_shape", "for", "d", "in", "distributions", "]", "if", "all", "(", "tensorshape_util", ".", "is_fully_defined", "(", "b", ")", "for", "b", "in", "batch_shapes", ")", ":", "if", "batch_shapes", "[", "1", ":", "]", "!=", "batch_shapes", "[", ":", "-", "1", "]", ":", "raise", "ValueError", "(", "'Distributions must have the same `batch_shape`; '", "'found: {}.'", ".", "format", "(", "batch_shapes", ")", ")", "elif", "validate_args", ":", "batch_shapes", "=", "[", "tensorshape_util", ".", "as_list", "(", "d", ".", "batch_shape", ")", "# pylint: disable=g-complex-comprehension", "if", "tensorshape_util", ".", "is_fully_defined", "(", "d", ".", "batch_shape", ")", "else", "d", ".", "batch_shape_tensor", "(", ")", "for", "d", "in", "distributions", "]", "assertions", ".", "extend", "(", "assert_util", ".", "assert_equal", "(", "# pylint: disable=g-complex-comprehension", "b1", ",", "b2", ",", "message", "=", "'Distribution `batch_shape`s must be identical.'", ")", "for", "b1", ",", "b2", "in", "zip", "(", "batch_shapes", "[", "1", ":", "]", ",", "batch_shapes", "[", ":", "-", "1", "]", ")", ")", "return", "assertions" ]

[ "def", "create", "(", "filename", ",", "spec", ")", ":", "from", ".", "import", "_segyio", "if", "not", "structured", "(", "spec", ")", ":", "tracecount", "=", "spec", ".", "tracecount", "else", ":", "tracecount", "=", "len", "(", "spec", ".", "ilines", ")", "*", "len", "(", "spec", ".", "xlines", ")", "*", "len", "(", "spec", ".", "offsets", ")", "ext_headers", "=", "spec", ".", "ext_headers", "if", "hasattr", "(", "spec", ",", "'ext_headers'", ")", "else", "0", "samples", "=", "numpy", ".", "asarray", "(", "spec", ".", "samples", ")", "endians", "=", "{", "'lsb'", ":", "256", ",", "# (1 << 8)", "'little'", ":", "256", ",", "'msb'", ":", "0", ",", "'big'", ":", "0", ",", "}", "endian", "=", "spec", ".", "endian", "if", "hasattr", "(", "spec", ",", "'endian'", ")", "else", "'big'", "if", "endian", "is", "None", ":", "endian", "=", "'big'", "if", "endian", "not", "in", "endians", ":", "problem", "=", "'unknown endianness {}, expected one of: '", "opts", "=", "' '", ".", "join", "(", "endians", ".", "keys", "(", ")", ")", "raise", "ValueError", "(", "problem", ".", "format", "(", "endian", ")", "+", "opts", ")", "fd", "=", "_segyio", ".", "segyiofd", "(", "str", "(", "filename", ")", ",", "'w+'", ",", "endians", "[", "endian", "]", ")", "fd", ".", "segymake", "(", "samples", "=", "len", "(", "samples", ")", ",", "tracecount", "=", "tracecount", ",", "format", "=", "int", "(", "spec", ".", "format", ")", ",", "ext_headers", "=", "int", "(", "ext_headers", ")", ",", ")", "f", "=", "segyio", ".", "SegyFile", "(", "fd", ",", "filename", "=", "str", "(", "filename", ")", ",", "mode", "=", "'w+'", ",", "iline", "=", "int", "(", "spec", ".", "iline", ")", ",", "xline", "=", "int", "(", "spec", ".", "xline", ")", ",", "endian", "=", "endian", ",", ")", "f", ".", "_samples", "=", "samples", "if", "structured", "(", "spec", ")", ":", "sorting", "=", "spec", ".", "sorting", "if", "hasattr", "(", "spec", ",", "'sorting'", ")", "else", "None", "if", "sorting", "is", "None", ":", "sorting", "=", "TraceSortingFormat", ".", "INLINE_SORTING", "f", ".", "interpret", "(", "spec", ".", "ilines", ",", "spec", ".", "xlines", ",", "spec", ".", "offsets", ",", "sorting", ")", "f", ".", "text", "[", "0", "]", "=", "default_text_header", "(", "f", ".", "_il", ",", "f", ".", "_xl", ",", "segyio", ".", "TraceField", ".", "offset", ")", "if", "len", "(", "samples", ")", "==", "1", ":", "interval", "=", "int", "(", "samples", "[", "0", "]", "*", "1000", ")", "else", ":", "interval", "=", "int", "(", "(", "samples", "[", "1", "]", "-", "samples", "[", "0", "]", ")", "*", "1000", ")", "f", ".", "bin", ".", "update", "(", "ntrpr", "=", "tracecount", ",", "nart", "=", "tracecount", ",", "hdt", "=", "interval", ",", "dto", "=", "interval", ",", "hns", "=", "len", "(", "samples", ")", ",", "nso", "=", "len", "(", "samples", ")", ",", "format", "=", "int", "(", "spec", ".", "format", ")", ",", "exth", "=", "ext_headers", ",", ")", "return", "f" ]

[ "def", "set_metadata", "(", "self", ",", "obj", ",", "metadata", ",", "clear", "=", "False", ",", "prefix", "=", "None", ")", ":", "# Add the metadata prefix, if needed.", "if", "prefix", "is", "None", ":", "prefix", "=", "OBJECT_META_PREFIX", "massaged", "=", "_massage_metakeys", "(", "metadata", ",", "prefix", ")", "cname", "=", "utils", ".", "get_name", "(", "self", ".", "container", ")", "oname", "=", "utils", ".", "get_name", "(", "obj", ")", "new_meta", "=", "{", "}", "# Note that the API for object POST is the opposite of that for", "# container POST: for objects, all current metadata is deleted,", "# whereas for containers you need to set the values to an empty", "# string to delete them.", "if", "not", "clear", ":", "obj_meta", "=", "self", ".", "get_metadata", "(", "obj", ",", "prefix", "=", "prefix", ")", "new_meta", "=", "_massage_metakeys", "(", "obj_meta", ",", "prefix", ")", "utils", ".", "case_insensitive_update", "(", "new_meta", ",", "massaged", ")", "# Remove any empty values, since the object metadata API will", "# store them.", "to_pop", "=", "[", "]", "for", "key", ",", "val", "in", "six", ".", "iteritems", "(", "new_meta", ")", ":", "if", "not", "val", ":", "to_pop", ".", "append", "(", "key", ")", "for", "key", "in", "to_pop", ":", "new_meta", ".", "pop", "(", "key", ")", "uri", "=", "\"/%s/%s\"", "%", "(", "cname", ",", "oname", ")", "resp", ",", "resp_body", "=", "self", ".", "api", ".", "method_post", "(", "uri", ",", "headers", "=", "new_meta", ")" ]

[ "def", "encoder", "(", "f", ",", "blocksize", ",", "seed", "=", "None", ",", "c", "=", "sampler", ".", "DEFAULT_C", ",", "delta", "=", "sampler", ".", "DEFAULT_DELTA", ")", ":", "# Generate seed if not provided", "if", "seed", "is", "None", ":", "seed", "=", "randint", "(", "0", ",", "1", "<<", "31", "-", "1", ")", "# get file blocks", "filesize", ",", "blocks", "=", "_split_file", "(", "f", ",", "blocksize", ")", "# init stream vars", "K", "=", "len", "(", "blocks", ")", "prng", "=", "sampler", ".", "PRNG", "(", "params", "=", "(", "K", ",", "delta", ",", "c", ")", ")", "prng", ".", "set_seed", "(", "seed", ")", "# block generation loop", "while", "True", ":", "blockseed", ",", "d", ",", "ix_samples", "=", "prng", ".", "get_src_blocks", "(", ")", "block_data", "=", "0", "for", "ix", "in", "ix_samples", ":", "block_data", "^=", "blocks", "[", "ix", "]", "# Generate blocks of XORed data in network byte order", "block", "=", "(", "filesize", ",", "blocksize", ",", "blockseed", ",", "int", ".", "to_bytes", "(", "block_data", ",", "blocksize", ",", "sys", ".", "byteorder", ")", ")", "yield", "pack", "(", "'!III%ss'", "%", "blocksize", ",", "*", "block", ")" ]

[ "def", "from_api_repr", "(", "cls", ",", "resource", ",", "client", ")", ":", "metric_name", "=", "resource", "[", "\"name\"", "]", "filter_", "=", "resource", "[", "\"filter\"", "]", "description", "=", "resource", ".", "get", "(", "\"description\"", ",", "\"\"", ")", "return", "cls", "(", "metric_name", ",", "filter_", ",", "client", "=", "client", ",", "description", "=", "description", ")" ]

[ "def", "write_str", "(", "data", ",", "sidx", ",", "pnames", ")", ":", "## grab snp and bis data from tmparr", "start", "=", "time", ".", "time", "(", ")", "tmparrs", "=", "os", ".", "path", ".", "join", "(", "data", ".", "dirs", ".", "outfiles", ",", "\"tmp-{}.h5\"", ".", "format", "(", "data", ".", "name", ")", ")", "with", "h5py", ".", "File", "(", "tmparrs", ",", "'r'", ")", "as", "io5", ":", "snparr", "=", "io5", "[", "\"snparr\"", "]", "bisarr", "=", "io5", "[", "\"bisarr\"", "]", "## trim to size b/c it was made longer than actual", "bend", "=", "np", ".", "where", "(", "np", ".", "all", "(", "bisarr", "[", ":", "]", "==", "\"\"", ",", "axis", "=", "0", ")", ")", "[", "0", "]", "if", "np", ".", "any", "(", "bend", ")", ":", "bend", "=", "bend", ".", "min", "(", ")", "else", ":", "bend", "=", "bisarr", ".", "shape", "[", "1", "]", "send", "=", "np", ".", "where", "(", "np", ".", "all", "(", "snparr", "[", ":", "]", "==", "\"\"", ",", "axis", "=", "0", ")", ")", "[", "0", "]", "if", "np", ".", "any", "(", "send", ")", ":", "send", "=", "send", ".", "min", "(", ")", "else", ":", "send", "=", "snparr", ".", "shape", "[", "1", "]", "## write to str and ustr", "out1", "=", "open", "(", "data", ".", "outfiles", ".", "str", ",", "'w'", ")", "out2", "=", "open", "(", "data", ".", "outfiles", ".", "ustr", ",", "'w'", ")", "numdict", "=", "{", "'A'", ":", "'0'", ",", "'T'", ":", "'1'", ",", "'G'", ":", "'2'", ",", "'C'", ":", "'3'", ",", "'N'", ":", "'-9'", ",", "'-'", ":", "'-9'", "}", "if", "data", ".", "paramsdict", "[", "\"max_alleles_consens\"", "]", ">", "1", ":", "for", "idx", ",", "name", "in", "enumerate", "(", "pnames", ")", ":", "out1", ".", "write", "(", "\"{}\\t\\t\\t\\t\\t{}\\n\"", ".", "format", "(", "name", ",", "\"\\t\"", ".", "join", "(", "[", "numdict", "[", "DUCT", "[", "i", "]", "[", "0", "]", "]", "for", "i", "in", "snparr", "[", "idx", ",", ":", "send", "]", "]", ")", ")", ")", "out1", ".", "write", "(", "\"{}\\t\\t\\t\\t\\t{}\\n\"", ".", "format", "(", "name", ",", "\"\\t\"", ".", "join", "(", "[", "numdict", "[", "DUCT", "[", "i", "]", "[", "1", "]", "]", "for", "i", "in", "snparr", "[", "idx", ",", ":", "send", "]", "]", ")", ")", ")", "out2", ".", "write", "(", "\"{}\\t\\t\\t\\t\\t{}\\n\"", ".", "format", "(", "name", ",", "\"\\t\"", ".", "join", "(", "[", "numdict", "[", "DUCT", "[", "i", "]", "[", "0", "]", "]", "for", "i", "in", "bisarr", "[", "idx", ",", ":", "bend", "]", "]", ")", ")", ")", "out2", ".", "write", "(", "\"{}\\t\\t\\t\\t\\t{}\\n\"", ".", "format", "(", "name", ",", "\"\\t\"", ".", "join", "(", "[", "numdict", "[", "DUCT", "[", "i", "]", "[", "1", "]", "]", "for", "i", "in", "bisarr", "[", "idx", ",", ":", "bend", "]", "]", ")", ")", ")", "else", ":", "## haploid output", "for", "idx", ",", "name", "in", "enumerate", "(", "pnames", ")", ":", "out1", ".", "write", "(", "\"{}\\t\\t\\t\\t\\t{}\\n\"", ".", "format", "(", "name", ",", "\"\\t\"", ".", "join", "(", "[", "numdict", "[", "DUCT", "[", "i", "]", "[", "0", "]", "]", "for", "i", "in", "snparr", "[", "idx", ",", ":", "send", "]", "]", ")", ")", ")", "out2", ".", "write", "(", "\"{}\\t\\t\\t\\t\\t{}\\n\"", ".", "format", "(", "name", ",", "\"\\t\"", ".", "join", "(", "[", "numdict", "[", "DUCT", "[", "i", "]", "[", "0", "]", "]", "for", "i", "in", "bisarr", "[", "idx", ",", ":", "bend", "]", "]", ")", ")", ")", "out1", ".", "close", "(", ")", "out2", ".", "close", "(", ")", "LOGGER", ".", "debug", "(", "\"finished writing str in: %s\"", ",", "time", ".", "time", "(", ")", "-", "start", ")" ]

[ "def", "get", "(", "self", ",", "key", ",", "default", ")", "->", "Union", "[", "Uniform", ",", "UniformBlock", ",", "Subroutine", ",", "Attribute", ",", "Varying", "]", ":", "return", "self", ".", "_members", ".", "get", "(", "key", ",", "default", ")" ]

[ "def", "add_ubridge_udp_connection", "(", "self", ",", "bridge_name", ",", "source_nio", ",", "destination_nio", ")", ":", "yield", "from", "self", ".", "_ubridge_send", "(", "\"bridge create {name}\"", ".", "format", "(", "name", "=", "bridge_name", ")", ")", "if", "not", "isinstance", "(", "destination_nio", ",", "NIOUDP", ")", ":", "raise", "NodeError", "(", "\"Destination NIO is not UDP\"", ")", "yield", "from", "self", ".", "_ubridge_send", "(", "'bridge add_nio_udp {name} {lport} {rhost} {rport}'", ".", "format", "(", "name", "=", "bridge_name", ",", "lport", "=", "source_nio", ".", "lport", ",", "rhost", "=", "source_nio", ".", "rhost", ",", "rport", "=", "source_nio", ".", "rport", ")", ")", "yield", "from", "self", ".", "_ubridge_send", "(", "'bridge add_nio_udp {name} {lport} {rhost} {rport}'", ".", "format", "(", "name", "=", "bridge_name", ",", "lport", "=", "destination_nio", ".", "lport", ",", "rhost", "=", "destination_nio", ".", "rhost", ",", "rport", "=", "destination_nio", ".", "rport", ")", ")", "if", "destination_nio", ".", "capturing", ":", "yield", "from", "self", ".", "_ubridge_send", "(", "'bridge start_capture {name} \"{pcap_file}\"'", ".", "format", "(", "name", "=", "bridge_name", ",", "pcap_file", "=", "destination_nio", ".", "pcap_output_file", ")", ")", "yield", "from", "self", ".", "_ubridge_send", "(", "'bridge start {name}'", ".", "format", "(", "name", "=", "bridge_name", ")", ")", "yield", "from", "self", ".", "_ubridge_apply_filters", "(", "bridge_name", ",", "destination_nio", ".", "filters", ")" ]

[ "def", "add_veth", "(", "name", ",", "interface_name", ",", "bridge", "=", "None", ",", "path", "=", "None", ")", ":", "# Get container init PID", "pid", "=", "get_pid", "(", "name", ",", "path", "=", "path", ")", "# Generate a ramdom string for veth and ensure that is isn't present on the system", "while", "True", ":", "random_veth", "=", "'veth'", "+", "''", ".", "join", "(", "random", ".", "choice", "(", "string", ".", "ascii_uppercase", "+", "string", ".", "digits", ")", "for", "_", "in", "range", "(", "6", ")", ")", "if", "random_veth", "not", "in", "__salt__", "[", "'network.interfaces'", "]", "(", ")", ".", "keys", "(", ")", ":", "break", "# Check prerequisites", "if", "not", "__salt__", "[", "'file.directory_exists'", "]", "(", "'/var/run/'", ")", ":", "raise", "CommandExecutionError", "(", "'Directory /var/run required for lxc.add_veth doesn\\'t exists'", ")", "if", "not", "__salt__", "[", "'file.file_exists'", "]", "(", "'/proc/{0}/ns/net'", ".", "format", "(", "pid", ")", ")", ":", "raise", "CommandExecutionError", "(", "'Proc file for container {0} network namespace doesn\\'t exists'", ".", "format", "(", "name", ")", ")", "if", "not", "__salt__", "[", "'file.directory_exists'", "]", "(", "'/var/run/netns'", ")", ":", "__salt__", "[", "'file.mkdir'", "]", "(", "'/var/run/netns'", ")", "# Ensure that the symlink is up to date (change on container restart)", "if", "__salt__", "[", "'file.is_link'", "]", "(", "'/var/run/netns/{0}'", ".", "format", "(", "name", ")", ")", ":", "__salt__", "[", "'file.remove'", "]", "(", "'/var/run/netns/{0}'", ".", "format", "(", "name", ")", ")", "__salt__", "[", "'file.symlink'", "]", "(", "'/proc/{0}/ns/net'", ".", "format", "(", "pid", ")", ",", "'/var/run/netns/{0}'", ".", "format", "(", "name", ")", ")", "# Ensure that interface doesn't exists", "interface_exists", "=", "0", "==", "__salt__", "[", "'cmd.retcode'", "]", "(", "'ip netns exec {netns} ip address list {interface}'", ".", "format", "(", "netns", "=", "name", ",", "interface", "=", "interface_name", ")", ")", "if", "interface_exists", ":", "raise", "CommandExecutionError", "(", "'Interface {interface} already exists in {container}'", ".", "format", "(", "interface", "=", "interface_name", ",", "container", "=", "name", ")", ")", "# Create veth and bring it up", "if", "__salt__", "[", "'cmd.retcode'", "]", "(", "'ip link add name {veth} type veth peer name {veth}_c'", ".", "format", "(", "veth", "=", "random_veth", ")", ")", "!=", "0", ":", "raise", "CommandExecutionError", "(", "'Error while creating the veth pair {0}'", ".", "format", "(", "random_veth", ")", ")", "if", "__salt__", "[", "'cmd.retcode'", "]", "(", "'ip link set dev {0} up'", ".", "format", "(", "random_veth", ")", ")", "!=", "0", ":", "raise", "CommandExecutionError", "(", "'Error while bringing up host-side veth {0}'", ".", "format", "(", "random_veth", ")", ")", "# Attach it to the container", "attached", "=", "0", "==", "__salt__", "[", "'cmd.retcode'", "]", "(", "'ip link set dev {veth}_c netns {container} name {interface_name}'", ".", "format", "(", "veth", "=", "random_veth", ",", "container", "=", "name", ",", "interface_name", "=", "interface_name", ")", ")", "if", "not", "attached", ":", "raise", "CommandExecutionError", "(", "'Error while attaching the veth {veth} to container {container}'", ".", "format", "(", "veth", "=", "random_veth", ",", "container", "=", "name", ")", ")", "__salt__", "[", "'file.remove'", "]", "(", "'/var/run/netns/{0}'", ".", "format", "(", "name", ")", ")", "if", "bridge", "is", "not", "None", ":", "__salt__", "[", "'bridge.addif'", "]", "(", "bridge", ",", "random_veth", ")" ]

[ "def", "check", "(", "self", ")", ":", "status", "=", "synced", "=", "True", "xbin", "=", "self", ".", "xbin", ".", "value", "(", ")", "ybin", "=", "self", ".", "ybin", ".", "value", "(", ")", "nquad", "=", "self", ".", "nquad", ".", "value", "(", ")", "g", "=", "get_root", "(", "self", ")", ".", "globals", "# individual window checks", "for", "(", "xsllw", ",", "xsulw", ",", "xslrw", ",", "xsurw", ",", "ysw", ",", "nxw", ",", "nyw", ")", "in", "zip", "(", "self", ".", "xsll", "[", ":", "nquad", "]", ",", "self", ".", "xsul", "[", ":", "nquad", "]", ",", "self", ".", "xslr", "[", ":", "nquad", "]", ",", "self", ".", "xsur", "[", ":", "nquad", "]", ",", "self", ".", "ys", "[", ":", "nquad", "]", ",", "self", ".", "nx", "[", ":", "nquad", "]", ",", "self", ".", "ny", "[", ":", "nquad", "]", ")", ":", "all_fields", "=", "(", "xsllw", ",", "xsulw", ",", "xslrw", ",", "xsurw", ",", "ysw", ",", "nxw", ",", "nyw", ")", "for", "field", "in", "all_fields", ":", "field", ".", "config", "(", "bg", "=", "g", ".", "COL", "[", "'main'", "]", ")", "status", "=", "status", "if", "field", ".", "ok", "(", ")", "else", "False", "xsll", "=", "xsllw", ".", "value", "(", ")", "xsul", "=", "xsulw", ".", "value", "(", ")", "xslr", "=", "xslrw", ".", "value", "(", ")", "xsur", "=", "xsurw", ".", "value", "(", ")", "ys", "=", "ysw", ".", "value", "(", ")", "nx", "=", "nxw", ".", "value", "(", ")", "ny", "=", "nyw", ".", "value", "(", ")", "# Are unbinned dimensions consistent with binning factors?", "if", "nx", "is", "None", "or", "nx", "%", "xbin", "!=", "0", ":", "nxw", ".", "config", "(", "bg", "=", "g", ".", "COL", "[", "'error'", "]", ")", "status", "=", "False", "elif", "(", "nx", "//", "xbin", ")", "%", "4", "!=", "0", ":", "\"\"\"\n The NGC collects pixel data in chunks before transmission.\n As a result, to avoid loss of data from frames, the binned\n x-size must be a multiple of 4.\n \"\"\"", "nxw", ".", "config", "(", "bg", "=", "g", ".", "COL", "[", "'error'", "]", ")", "status", "=", "False", "if", "ny", "is", "None", "or", "ny", "%", "ybin", "!=", "0", ":", "nyw", ".", "config", "(", "bg", "=", "g", ".", "COL", "[", "'error'", "]", ")", "status", "=", "False", "# overlap checks in x direction", "if", "xsll", "is", "None", "or", "xslr", "is", "None", "or", "xsll", ">=", "xslr", ":", "xslrw", ".", "config", "(", "bg", "=", "g", ".", "COL", "[", "'error'", "]", ")", "status", "=", "False", "if", "xsul", "is", "None", "or", "xsur", "is", "None", "or", "xsul", ">=", "xsur", ":", "xsurw", ".", "config", "(", "bg", "=", "g", ".", "COL", "[", "'error'", "]", ")", "status", "=", "False", "if", "nx", "is", "None", "or", "xsll", "is", "None", "or", "xsll", "+", "nx", ">", "xslr", ":", "xslrw", ".", "config", "(", "bg", "=", "g", ".", "COL", "[", "'error'", "]", ")", "status", "=", "False", "if", "xsul", "is", "None", "or", "nx", "is", "None", "or", "xsul", "+", "nx", ">", "xsur", ":", "xsurw", ".", "config", "(", "bg", "=", "g", ".", "COL", "[", "'error'", "]", ")", "status", "=", "False", "# Are the windows synchronised? This means that they would", "# be consistent with the pixels generated were the whole CCD", "# to be binned by the same factors. If relevant values are not", "# set, we count that as \"synced\" because the purpose of this is", "# to enable / disable the sync button and we don't want it to be", "# enabled just because xs or ys are not set.", "perform_check", "=", "all", "(", "[", "param", "is", "not", "None", "for", "param", "in", "(", "xsll", ",", "xslr", ",", "ys", ",", "nx", ",", "ny", ")", "]", ")", "if", "(", "perform_check", "and", "(", "(", "xsll", "-", "1", ")", "%", "xbin", "!=", "0", "or", "(", "xslr", "-", "1025", ")", "%", "xbin", "!=", "0", "or", "(", "ys", "-", "1", ")", "%", "ybin", "!=", "0", ")", ")", ":", "synced", "=", "False", "perform_check", "=", "all", "(", "[", "param", "is", "not", "None", "for", "param", "in", "(", "xsul", ",", "xsur", ",", "ys", ",", "nx", ",", "ny", ")", "]", ")", "if", "(", "perform_check", "and", "(", "(", "xsul", "-", "1", ")", "%", "xbin", "!=", "0", "or", "(", "xsur", "-", "1025", ")", "%", "xbin", "!=", "0", "or", "(", "ys", "-", "1", ")", "%", "ybin", "!=", "0", ")", ")", ":", "synced", "=", "False", "# Range checks", "rchecks", "=", "(", "(", "xsll", ",", "nx", ",", "xsllw", ")", ",", "(", "xslr", ",", "nx", ",", "xslrw", ")", ",", "(", "xsul", ",", "nx", ",", "xsulw", ")", ",", "(", "xsur", ",", "nx", ",", "xsurw", ")", ",", "(", "ys", ",", "ny", ",", "ysw", ")", ")", "for", "check", "in", "rchecks", ":", "val", ",", "size", ",", "widg", "=", "check", "if", "val", "is", "None", "or", "size", "is", "None", "or", "val", "+", "size", "-", "1", ">", "widg", ".", "imax", ":", "widg", ".", "config", "(", "bg", "=", "g", ".", "COL", "[", "'error'", "]", ")", "status", "=", "False", "# Quad overlap checks. Compare one quad with the next one", "# in the same quadrant if there is one. Only bother if we", "# have survived so far, which saves a lot of checks.", "if", "status", ":", "for", "index", "in", "range", "(", "nquad", "-", "1", ")", ":", "ys1", "=", "self", ".", "ys", "[", "index", "]", ".", "value", "(", ")", "ny1", "=", "self", ".", "ny", "[", "index", "]", ".", "value", "(", ")", "ysw2", "=", "self", ".", "ys", "[", "index", "+", "1", "]", "ys2", "=", "ysw2", ".", "value", "(", ")", "if", "any", "(", "[", "thing", "is", "None", "for", "thing", "in", "(", "ys1", ",", "ny1", ",", "ys2", ")", "]", ")", "or", "ys1", "+", "ny1", ">", "ys2", ":", "ysw2", ".", "config", "(", "bg", "=", "g", ".", "COL", "[", "'error'", "]", ")", "status", "=", "False", "if", "synced", ":", "self", ".", "sbutt", ".", "config", "(", "bg", "=", "g", ".", "COL", "[", "'main'", "]", ")", "self", ".", "sbutt", ".", "disable", "(", ")", "else", ":", "if", "not", "self", ".", "frozen", ":", "self", ".", "sbutt", ".", "enable", "(", ")", "self", ".", "sbutt", ".", "config", "(", "bg", "=", "g", ".", "COL", "[", "'warn'", "]", ")", "return", "status" ]

[ "def", "value_type", "(", "type_", ")", ":", "if", "not", "smart_pointer_traits", ".", "is_smart_pointer", "(", "type_", ")", ":", "raise", "TypeError", "(", "'Type \"%s\" is not an instantiation of \\\n boost::shared_ptr or std::shared_ptr'", "%", "type_", ".", "decl_string", ")", "try", ":", "return", "internal_type_traits", ".", "get_by_name", "(", "type_", ",", "\"element_type\"", ")", "except", "runtime_errors", ".", "declaration_not_found_t", ":", "return", "_search_in_bases", "(", "type_", ")" ]

[ "def", "_create_fig", "(", "*", ",", "x_sc", "=", "bq", ".", "LinearScale", ",", "y_sc", "=", "bq", ".", "LinearScale", ",", "x_ax", "=", "bq", ".", "Axis", ",", "y_ax", "=", "bq", ".", "Axis", ",", "fig", "=", "bq", ".", "Figure", ",", "options", "=", "{", "}", ",", "params", "=", "{", "}", ")", ":", "params", "=", "_merge_with_defaults", "(", "params", ")", "x_sc", "=", "x_sc", "(", "*", "*", "_call_params", "(", "params", "[", "'x_sc'", "]", ",", "options", ")", ")", "y_sc", "=", "y_sc", "(", "*", "*", "_call_params", "(", "params", "[", "'y_sc'", "]", ",", "options", ")", ")", "options", "=", "tz", ".", "merge", "(", "options", ",", "{", "'x_sc'", ":", "x_sc", ",", "'y_sc'", ":", "y_sc", "}", ")", "x_ax", "=", "x_ax", "(", "*", "*", "_call_params", "(", "params", "[", "'x_ax'", "]", ",", "options", ")", ")", "y_ax", "=", "y_ax", "(", "*", "*", "_call_params", "(", "params", "[", "'y_ax'", "]", ",", "options", ")", ")", "options", "=", "tz", ".", "merge", "(", "options", ",", "{", "'x_ax'", ":", "x_ax", ",", "'y_ax'", ":", "y_ax", ",", "'marks'", ":", "[", "]", "}", ")", "fig", "=", "fig", "(", "*", "*", "_call_params", "(", "params", "[", "'fig'", "]", ",", "options", ")", ")", "return", "fig" ]

[ "def", "add_member", "(", "self", ",", "member", ",", "dn", "=", "False", ")", ":", "if", "dn", ":", "if", "self", ".", "check_member", "(", "member", ",", "dn", "=", "True", ")", ":", "return", "mod", "=", "(", "ldap", ".", "MOD_ADD", ",", "'member'", ",", "member", ".", "encode", "(", "'ascii'", ")", ")", "else", ":", "if", "self", ".", "check_member", "(", "member", ")", ":", "return", "mod", "=", "(", "ldap", ".", "MOD_ADD", ",", "'member'", ",", "member", ".", "get_dn", "(", ")", ".", "encode", "(", "'ascii'", ")", ")", "if", "self", ".", "__lib__", ".", "__batch_mods__", ":", "self", ".", "__lib__", ".", "enqueue_mod", "(", "self", ".", "__dn__", ",", "mod", ")", "elif", "not", "self", ".", "__lib__", ".", "__ro__", ":", "mod_attrs", "=", "[", "mod", "]", "self", ".", "__con__", ".", "modify_s", "(", "self", ".", "__dn__", ",", "mod_attrs", ")", "else", ":", "print", "(", "\"ADD VALUE member = {} FOR {}\"", ".", "format", "(", "mod", "[", "2", "]", ",", "self", ".", "__dn__", ")", ")" ]